从整体海洋产业结构来看，钦州市海洋第一产业比重过高，第二产业和第三产业发展比重明显不足，需大力发展以海洋港口和海洋工业园区为主体的海洋工程建筑业和临海（港）工业，提升海洋第二产业份额，从而带动作为海洋第三产业的海洋交通运输业等随之发展。《广西北部湾经济区发展规划》指出，“钦防组团”要“发挥深水大港优势，建设保税港区，发展临海重化工业和港口物流，成为利用两个市场、两种资源的加工制造基地和物流基地”；钦州提出要“重点以港口为依托，以临港大工业为突破口，以产业园区和基地建设为平台，以项目建设为抓手，以开放创新为动力，大力推进工业化、城镇化和农业现代化，实现三者良性互动和协调发展，推动经济社会又好又快发展。”的工作思路已经指明了海洋经济下一步发展方向和重点，应在海洋功能区划中予以落实和体现。
三、海洋生态环境保护工程建设正在进行
陆源污染物整治力度不断加大，沿海各地及各大企业均按海洋环保要求纷纷建设污水处理厂，排污口选划正在加紧进行。海洋生态环境保护工程正在进行，加强了对海洋生态环境特别是红树林资源的保护。广西自治区人民政府于2005年1月17日批复同意建立广西茅尾海红树林自治区级自然保护区，该自治区级自然保护区总面积2784公顷，分别由康熙岭片、坚心围片，七十二泾片和大风江片等四大片组成。2007年2月12日，广西茅尾海红树林自治区级自然保护区管理处正式挂牌，标志着钦州市海洋生态保护工程又上了一个新的台阶。
第十条 【面临的形势】
一、用海需求面临的形势
随着《广西北部湾经济区发展规划》被国务院批准，广西北部湾经济区开放开发已上升为国家战略，使港口建设、临港工业和城市排污工程等用海的需求旺盛。建设工程用海范围不断扩大，与滨海旅游、渔业用海矛盾日益突出，海洋生态环境保护压力较大。这些矛盾和问题主要集中在钦州港工业区海域。主要是：
1. 加快钦州港工业区的发展是贯彻落实《广西北部湾经济区发展规划》及钦州市“以港兴工、三化互动”发展路径的重中之重，是区域发展海洋经济和外向型经济的主战场之一。随着钦州港工业区各类临港工业基地和园区的发展，港口和临港产业区开始向大榄坪传统海水增养殖区拓展，航道数量和用海范围不断扩大，工业用海者与传统养殖用海矛盾在显现。
2. 随着当前社会经济和临港工业的发展，陆源入海污染源不断增多，污染物数量不断增大。根据《北部湾钦州港工业区概念规划》，钦州港工业区2010年全年排海CODCr总量将接近3万吨，到2020年，全年排海CODCr总量将接近5万吨。因钦州港工业区临近有茅尾海大蚝增养殖区、龙门群岛旅游区、麻蓝岛旅游区以及三娘湾旅游区；钦州港工业区的发展与茅尾海大蚝增养殖、龙门群岛旅游区和麻蓝岛度假旅游区的功能定位如何协调发展，将是钦州市海洋资源开放与保护面临的长期而艰巨任务。
二、海洋资源环境保护面临的主要问题
1. 捕捞、养殖过度，使传统的重要渔业资源严重衰退。近几年虽采取了伏季休渔、设立禁渔区等制度，但近海捕捞压力仍然过大，尤其沿岸定置网具和违规的拖网捕捞对仔稚鱼、幼鱼造成严重破坏。如何保护近海渔业资源，大力发展远洋渔业，提高渔业的国际竞争力，已是急需解决的课题。近海养殖容量过大和养殖污水的直排，造成养殖本身的自污染，从而病害蔓延，养殖效益下降，严重制约养殖业的健康发展。
2. 港口基础建设亟待完善，服务功能单一，“港工互动”有待进一步推进。虽然“十五”期间，钦州港步入快速发展期，但受区域经济水平和资源条件限制，目前港口基础设施仍较薄弱，港口规模、通过能力、现代化水平等方面与东部沿海地区有较大差距。深水码头建设进展有待大力推动；专业化泊位缺乏；进港航道吨级偏低，不适应海运船舶大型化的趋势。上述因素严重制约了“港工互动”战略的推进。
