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（三）规划财务处。
组织编制自治区环境保护功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；组织实施政府环境保护目标责任制；负责管理环保专项资金和项目；承担直属单位财务、国有资产管理、内部审计等工作。
（四）科技标准处（宣传教育处）。
承担环境保护科技工作；组织拟订环境保护科技规划与计划；管理环境保护科研项目和成果；组织环境保护技术研发、集成示范与推广；组织拟订自治区环境保护标准和技术规范；参与指导和推动循环经济和环保产业发展工作；拟订并组织实施环境保护宣传教育规划与计划；负责发布自治区环境综合性报告和重大环境信息；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；组织协调环境保护国际合作交流。
（五）污染物排放总量控制处。
负责水污染排放许可证审批和发放工作；按照国家总量减排目标提出自治区总量控制计划并组织实施；督查考核各地总量控制计划完成情况；负责环境统计和污染源普查工作。
（六）环境影响评价处。
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价综合管理工作；协助管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；提出区域限批、流域限批和行业限批的建议并组织实施。
（七）监测监察处。
组织制定自治区环境监测制度和规范；组织开展和指导环境监测工作；调查评估自治区环境质量状况并进行预测预警；组织编制自治区环境状况公报；组织拟订自治区环境监察制度并组织实施；组织实施排污收费、限期治理等管理制度；组织协调重大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；负责环境保护行政处罚工作；组织开展建设项目环境保护“三同时”监督检查工作；组织拟订突发环境事件应急预案；指导协调重大突发环境事件的应急、预警工作。
（八）污染防治处。
拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治规划、标准和规范；组织实施排污申报登记制度；组织实施城市环境综合整治定量考核工作。
（九）自然生态保护处。
指导、协调并监督生态保护工作；组织编制生态保护规划；向自治区人民政府提出新建自治区级自然保护区审批建议；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展自治区生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设；参与生物安全管理工作。
（十）核与辐射管理处。
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