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（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。承担机关和所属单位财务、国有资产管理、政府采购、内部审计工作；承担机关、所属单位的人事和机构编制工作；承担县（市、区）环境保护部门领导干部双重管理的有关工作；承担环境保护行政体制改革的有关工作；负责机关和所属单位的党群工作。
（二）综合规划科
组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；审核城市总体规划中的环境保护内容；负责开展全市环境保护系统国际交流与合作工作。组织拟订全市环境保护科技规范性文件，执行有关环境标准；负责编制环境保护科技发展规划；组织环境保护重大科技攻关和实施技术示范工程；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
（三）污染物排放总量控制科
组织实施全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担全市环境统计和污染源普查工作。负责组织制定地方环境监测制度和规范，组织开展全市环境监测；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；承担市环境监测网和全市环境信息网的有关工作；承担发布全市环境质量状况的有关工作。
（四）污染防治科
起草全市水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治地方性文件；组织实施排污申报登记、跨县（市、区）界河流断面水质考核等环境管理制度；组织拟订全市有关污染防治规划并对实施情况进行监督。
（五）环境影响评价科（行政审批事项服务科）
承担全市规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；指导全市建设项目的环境管理工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地方，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目环境影响评价文件工作。
（六）法规宣教科
组织拟订环境保护规范性文件；组织开展环境保护执法检查；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、应诉及赔偿工作。组织实施全市环境保护宣传教育工作；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担新闻审核和发布工作。
（七）自然生态与农村环境保护科
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