专项整治工作按照省经贸委、福建煤监局统一领导、各产煤设区市煤炭行业管理部门负责组织实施（省属煤矿由省煤炭集团公司负责组织实施）的原则，分三个阶段进行，用一年半左右时间，完成专项整治任务。
第一阶段：部署和企业自查自改阶段（2009年4月～2009年6月）。按照《
国务院办公厅关于加快煤层气（煤矿瓦斯）抽采利用的若干意见》（国办发〔2006〕47号）、国家七部委《
关于加强小煤矿安全基础管理的指导意见》（安监总煤调〔2007〕95号）、《
国务院安委会办公室关于进一步加强煤矿瓦斯治理工作的指导意见》（安委办〔2008〕17号）、《煤矿瓦斯抽采基本指标》的要求和有关法规标准，我委会同福建煤矿安全监察局制定专项整治工作方案。各产煤设区督促本辖区内所有小煤矿按照专项整治工作要求，制定本煤矿瓦斯专项整治实施方案（编制要点见附件1），小煤矿瓦斯专项整治实施方案由当地煤炭行业管理部门负责组织审核。小煤矿根据专项整治实施方案安排，针对采掘部署、系统建设、管理体系等关键环节开展全面自查，提出自查报告。对排查出的重大瓦斯隐患，要制定整改措施，落实责任人。
第二阶段：集中“会诊”和整改实施阶段（2009年7月～2010年6月）。我委会同福建煤矿安全监察局，组织瓦斯防治专家和工程技术人员，用一年时间，以小煤矿瓦斯专项整治实施方案等为基本依据，对产煤地区的高瓦斯、煤与瓦斯突出矿井进行“会诊”，提出会诊报告，帮助企业完善整改措施；所有小煤矿，都要在企业自查和专家“会诊”的基础上，对采掘部署、通风系统、瓦斯抽采、煤与瓦斯突出防治、监测监控、现场管理等关键环节排查出的重大隐患，能够立即整改的要立即整改，不能立即整改的，制定整改措施、落实整改责任和资金，限期完成整改。地方各级煤矿安全监管部门要按照分级监控的要求，对查出的重大瓦斯隐患建档立案，实施挂牌督办，落实分级监控责任，跟踪整改进度和整改质量。
第三阶段：检查验收和巩固成果阶段（2010年7月～2010年9月）。根据我委和福建煤矿安全监察局制定的检查验收标准（附件2），组织地方煤炭行业管理部门对各小煤矿瓦斯专项整治行动工作情况对照标准进行检查验收。对采掘部署合理、通风系统可靠、瓦斯抽采达标、监控系统有效、现场管理到位的小煤矿通过验收，对整治工作不力、措施落实不到位的地区以及没有达到验收标准要求和整治期间发生较大以上瓦斯事故的小煤矿，要予以曝光，并限期整改，重新组织验收；对拒绝整改和不具备防治煤与瓦斯突出能力的小煤矿，依据《
国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》（国务院令第446号）的规定，提请地方政府依法予以关闭。
