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（三）发展计划处
拟订科技发展规划，提出科技计划经费配置建议，编制实施年度计划，负责科技基础条件平台建设认定和运行管理工作；推动区域科技发展工作；拟订促进科技中介机构发展政策；负责科技计划保密和涉密项目管理；组织有关科技项目评估管理和科技统计管理工作。
（四）科研条件与财务处
提出科研条件保障的规划和政策建议；会同有关部门提出科技资源合理配置的政策和措施建议；编制本部门预算中的科技经费预决算，并监督预算的执行；拟订科技投入政策和科技经费管理办法；统筹协调推进科技投融资体系建设；负责本部门基本建设和国有资产管理工作；负责实验动物生产、使用许可证的核发及管理工作。
（五）基础研究处
拟订并组织实施基础研究规划和政策；制定并组织实施基础研究计划；负责省级重点实验室规划与认定；组织推动科研基础性工作。
（六）高新技术发展及产业化处
拟订有关领域高新技术发展及产业化的规划和政策；编制和组织实施有关领域高新技术研究发展计划；指导高新技术产业开发区建设；推动高新技术产业化有关技术服务体系建设；拟订促进技术市场发展政策；负责高新技术企业认定。
（七）农村科技处
拟订科技促进农村发展的规划和政策；编制并组织实施有关领域高新技术研究发展计划；推动农村科技进步；促进有关重大科技成果应用示范；指导农村科技服务体系、农业科技园区、科技型农村经济合作组织的有关工作。
（八）社会发展科技处
拟订社会发展领域科技发展规划和政策；编制并组织实施有关领域高新技术研究发展计划；促进有关重大科技成果应用示范；承担中药现代化科技产业（云南）基地建设等有关工作；推动可持续发展实验区建设。
（九）省院省校科技合作处
拟订国内科技合作的发展规划、政策；编制并组织实施国内科技合作年度计划；承担沪滇科技对口帮扶与合作、“泛珠三角”区域科技合作的有关工作；承担与中国科学院、中国工程院、国内著名高校、科研机构及省外科技合作的有关工作。
（十）对外交流与合作处
组织拟订对外科技交流与合作的规章制度；承办政府间及国际组织间涉滇科技交流与合作的有关事宜；组织实施国际科技合作计划；承办港澳台地区科技交流与合作事宜。
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