在取得成绩的同时，仍然存在一些不容忽视的问题，主要有：
一是学校卫生工作力量不足、经费缺乏。各级疾病预防控制机构承担学生传染病防治、学生健康监测、行为危险因素监测、营养状况监测、学校物质环境监测和健康教育等工作，各级卫生监督机构履行学校卫生执法监督职责，但目前由于基层疾病预防控制机构学校卫生科室人员短缺、专项业务经费缺乏，疾病防治、健康监测、健康教育等学校卫生工作均不能正常开展。食品、饮用水、环境卫生监测检测等学校卫生专项业务经费普遍不足，导致各级卫生监督机构执法覆盖面不高，执法力度不强。
二是学校食堂存在安全隐患。此次抽查的62所学校中，有学生食堂60家，其中59家取得有效食品卫生许可证，持证率98.3%，从业人员健康证持证率100%。目前，在食品卫生监管职能进行调整，食品卫生监督工作正在过度期间，部分地方学校食堂出现较多卫生问题。如陇东学院的学校食堂是食品卫生A级信誉度单位，但现场检查时发现，食堂环境卫生较差，食品加工间、操作间堆放杂物，销售场所无防蝇和空气消毒设施，从业人员个人卫生较差，学校发生食物中毒和食源性疾患的风险较高。部分市州城市学校周边餐饮卫生整治力度弱，无证经营、设施设备简陋、操作不规范等现象突出，安全隐患多。
三是学校生活饮用水卫生需管理加强。此次共抽查的62所学校，有6所学校使用二次供水设施或自备水源，其中陇南市卫生学校、康县岸门口中学和酒泉市职业中专3所学校的供水设施或自备水源未取得卫生许可证，卫生许可证持证率仅为50%，4所学校的供水设施未能定期清洗消毒，合格率仅为33.3%。
四是学校传染病防控工作相对薄弱。督导发现，部分农村寄宿制学校未按规定设置校医室、配备卫生技术人员，学校传染病防控工作存在较大隐患。部分学校校医院（室）及其卫生技术人员不具备资质开展诊疗活动。白银市平川中恒中学等部分学校的校医配备不足，与按学生人数600∶1的比例配备专职卫生技术人员的要求有很大差距，不能正常开展学生常见病的防治及健康教育工作；由于实行学校后勤社会化改革，兰州市榆中县第五中学等撤销了校医室（或保健室），分流了卫生技术人员，造成传染病防控工作的缺位；平凉医学高等专科学校校医院《医疗机构执业许可证书》过期，传染病疫情报告人员的卫生知识、疫情报告知识匮乏，传染病登记簿已连续三年未填写。
二、下一步工作要求
