甲型H1N1流感流行各阶段由卫生部组织有关专家判定，疫情的分级、预警和相应的应急反应认定、宣布和终止，按照《
国家突发公共卫生事件应急预案》执行，市、县（区）卫生行政部门就当地疫区的划定和宣布向本级政府提出建议。
（一）准备阶段准备阶段是指流感大流行发生前的阶段。人类新亚型流感病毒并不一定最终导致流感大流行的发生，但由于其潜在的大流行威胁，必须做出相应的应急反应。因此，应对大流行的准备阶段包括下列几种情况及应急反应级别。
1.无应急反应阶段：
无新亚型流感病毒报告。
2.蓝色预警，Ⅳ级应急反应阶段：
人类标本中分离出新亚型流感病毒，但未出现临床症状。
3.黄色预警，Ⅲ级应急反应阶段：
人类感染新亚型流感病毒（甲型H1N1流感病毒）并发病，但未发生人传人。
4.橙色预警，Ⅱ级应急反应阶段：
新亚型流感病毒（甲型H1N1流感病毒）在人与人之间传播，但传播范围相对局限。
（二）大流行阶段，红色预警，Ⅰ级应急反应阶段出现下列两种情况之一，即为大流行阶段。
1.新亚型流感病毒（甲型H1N1流感病毒）在人群中持续快速地传播；
2.世界卫生组织宣布发生流感大流行。
（三）结束阶段。全国流感大流行得到有效控制，由卫生部组织专家，并结合世界卫生组织的有关意见判定大流行结束。
四、疫情监测、报告和确认
（一）疫情防控的职责分工
1.各级卫生行政部门负责甲型H1N1流感疫情监测工作的监督和管理，组织检查和督导，发现监测工作中存在的问题要及时解决。
2.各级医疗、疾病预防控制、卫生监督机构按照各自职责，负责甲型H1N1流感疫情监测的具体组织实施、技术指导、质量控制等工作。
3.市疾病预防控制中心要主动与有关部门联系与沟通，开展实验室检测技术交流合作；应急消毒小分队负责组织曾在疫情现场工作的指挥人员、公安人员、流调人员、司机到指定宾馆，指导其脱掉防护服，进行消毒。
（二）疫情的监测、报告和确认
1.各级医疗机构、疾病预防控制中心负责甲型H1N1流感的监测、预警工作。主要职责是建立发热门诊、监测网络；对监测信息进行汇总、分析；对国内外的甲型H1N1流感疫情动态进行收集汇总和分析；各级医疗机构负责甲型H1N1流感发现、报告和病人救治；市疾病预防控制机构负责病原体的分离鉴定。
