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组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作，指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。
（五）财务处。
编制水利部门预算、决算，负责机关及所属单位的财务会计制度建设、资金（资产）管理与监督以及绩效评价工作；承担机关并指导所属单位的财务管理和内部审计工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
（六）科技与外事处。
拟订水利科学发展规划；负责水利科学研究、技术引进和科技推广；参与拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施；负责省际河流有关事务和对外合作工作。
（七）建设处（安全监督处）。
指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导江河治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理；组织实施具有控制性的或跨市（州、地）的重要水利工程建设与运行管理；指导水利建设市场以及水利水电工程招标投标的监督管理；承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝的安全监管。
（八）水土保持处。
承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（九）饮水安全处。
拟订农村水利建设发展规划；指导村镇供水、农村饮水安全、农村节约用水和农村水能源开发工作；组织拟订农村饮水工程建设规划并监督实施；指导灌溉排水和节水灌溉等工作；实施灌区、水泵站工程节水改造发展规划。
（十）“三小”工程处。
指导和协调全省农田水利基本建设和雨水集蓄利用“三小”工程工作；组织实施以工代赈农田水利项目建设；指导和协调农村水利管理体制和运行机制改革及农村社会化服务体系建设。
（十一）烟水配套工程处。
拟订烟叶生产配套工程规划并监督实施；指导和协调烟水配套工程建设与管理。
（十二）人事处。
负责机关和所属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训管理工作；负责水利体制改革的有关工作；指导全省水利系统人才队伍建设工作。
机关党委 负责厅机关和所属事业单位的党群工作。设置机关党委办公室。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导所属事业单位的离退休干部工作。
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