第二十五条 对建设单位内部控制制度设置和落实情况审计时，主要审查建设单位是否按国家有关规定和本单位实际情况建立健全相关的内控制度，责任是否明确，是否有效执行。
第二十六条 对建设资金筹集与使用情况审计时，主要审查建设资金（含项目资本金，下同）是否落实，是否按投资计划及时到位，能否满足项目建设进度需要；建设资金使用是否合规，有无滞留、转移、侵占、挪用建设资金等问题；建设资金是否和经营性资金严格区别核算。
第二十七条 对政府投资项目会计核算情况审计时，主要审查是否按规定设置会计机构，配备会计人员，职责分工是否明确；是否按照概算口径及有关制度规定对有关会计事项办理会计手续，进行会计核算；财务报表是否真实、合法、完整。
第二十八条 对政府投资项目材料、设备采购及管理情况审计时，主要审查材料、设备等物资是否按设计要求进行采购，有无盲目采购行为；采购程序是否合规，验收、保管和领用等手续是否健全、有效，账实是否相符等。
第二十九条 对政府投资项目工程结算审计时，主要审查工程价款结算是否符合国家有关规定和合同约定，有无高估冒算、虚报冒领工程款等问题；设计变更、施工现场签证是否合规、及时、完整和真实；工程价款结算手续是否完善，有无超付或欠付工程款等问题。
第三十条 对政府投资项目相关税费审计时，主要审查相关税费是否按规定计提，是否及时、准确缴纳，减、免、缓缴的手续是否完善，是否符合有关规定等。
第三十一条 对政府投资项目竣工决算审计时，主要审查竣工决算报表和交付使用资产是否真实、合法、完整；移交手续是否齐全、合规；未完工程是否真实、合法；结余资金是否按规定进行处理等。
第三十二条 对政府投资项目环境保护情况审计时，关注项目节能减排或降耗措施是否到位，项目是否存在重大资源生态破坏或毁损等问题。
第三十三条 对政府投资项目效益评价时，评价建设资金的使用效果和合理利用程度；内部控制制度是否达到预期效果等。
