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领导小组下设办公室和9个工作组。
办公室：设在盟卫生局。负责领导小组日常工作；负责组织、协调全盟甲型 H1N1流感疫情应急处理工作；负责领导小组例会的组织和重要工作的督办；负责收集、整理、上报甲型 H1N1流感防控工作信息；负责甲型 H1N1流感疫情与防控工作动态发布；根据发生甲型 H1N1流感时疫情应急处理工作的实际需要，向行署提出成立甲型 H1N1流感应急指挥部的建议。旗县市区卫生行政部门依照职责和本预案的规定，在本级人民政府统一领导下，负责组织、协调本行政区域内甲型 H1N1流感疫情应急处理工作，并根据发生甲型 H1N1流感时应急处理工作的实际需要，向本级人民政府提出成立甲型 H1N1流感应急指挥部的建议。
医疗卫生组：设在盟卫生局。负责组织制定和修订甲型H1N1流感相关诊疗和预防控制技术方案，对落实情况进行督导检查；对全盟流感疫情监测、报告、流行病学调查、标本采集和检测、疫情处置等工作提供指导；指导各地做好甲型 H1N1流感医疗救治工作；根据疫情防控工作需要，选派专家赴重点地区协助开展疫情处理和医疗救治工作；提出完善疫情防控、医疗救治工作的策略、措施建议。
物资保障组：设在盟发改委。负责统筹防控应急物质保障工作，研究并综合协调防控保障中的重大问题；掌握全盟物资保障工作的综合情况；督促各地、各部门落实各项物资保障措施，并密切跟踪保障工作进展情况；监测与群众基本生活密切相关的生活必需品和卫生清洁用品的市场动态及供给保障工作，指导市场监督管理，稳定物价，查处违规经营，维持市场秩序；及时反馈保障工作信息。
医药保障组：设在盟食品药品监督管理局。负责掌握全盟医疗物资保障工作情况，及时了解防控医药物资需求动态和生产、流通、库存及资源保障情况，协调防控医药物资供需、储备、运输等事宜。加强药品市场监管，严把防控、消毒等方面药品供应的市场准入关。
资金保障组：设在盟财政局。负责安排防控工作经费及应急物资（含仪器设备）紧急采购、储备等专项资金的落实，做好经费使用的监督管理工作。
宣传组：设在盟委宣传部。负责组织协调新闻媒体及时报道应对甲型 H1N1流感工作进展情况，积极正确引导舆论；跟踪境内外、盟内外舆情，及时澄清事实；加强网上新闻发布的管理和引导；协助相关部门宣传甲型 H1N1流感防治知识，提高人民群众自我保护能力；及时收集、整理和报送舆情监测等相关信息。畜牧兽医组：设在盟农牧业局。负责做好防控甲型 H1N1流感所涉及的畜牧兽医工作。加强动物甲型 H1N1流感疫情监测和排查工作，及时通报有关动物疫情信息和监测结果，组织分析有关动物疫病发生趋势，提出防控建议；组织甲型 H1N1流感动物防疫疫苗、诊断试剂等应急物资储备及相关技术培训；收集、整理、上报动物甲型 H1N1流感防控工作信息。
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