各地要建立健全新型农村合作医疗管理体制与组织体系，认真落实省机构编制委员会《关于建立县级农村合作医疗经办机构的通知》（苏编〔2004〕23号）规定，根据工作需要配齐新农合管理、医疗业务、财务会计、审计督查、信息技术等专门人员，落实县级合作医疗经办机构工作经费，确保各级新型农村合作医疗管理、经办机构有序运行。各市卫生行政部门要加强对新农合的管理和技术指导，配备专兼职人员，安排必须的工作经费。有条件的地方可进一步充实人员力量，实行县级经办机构向乡镇派驻经办审核、稽查人员的做法，严格新农合监管。通过先进合管办建设，建立健全各项内部管理、考核制度，加强管理经办人员培训，增强管理队伍的生机和活力，改进工作方法，完善管理手段，不断提高管理效率和经办服务水平。在确保新农合基金安全和有效监管的前提下，采取政府购买医疗保障服务的方式，探索委托具有资质的商业保险机构经办新农合报销支付业务。
各地要按照《江苏省新农合管理信息系统建设实施方案》（苏卫农卫〔2008〕7号）的要求，加快推进新农合信息化建设，逐步实现新农合经办机构与定点医疗机构的联网，实行县级网上审核，省级网上监测运行及信息汇总分析，各级财政要对新农合信息化建设给予必要的支持，确保全省建设目标的如期实现。
七、加强新农合与相关制度的衔接
要加强部门配合，按照省民政厅等四部门《关于进一步做好城乡医疗救助工作的意见》（苏民保〔2008〕8号）文件要求，不断完善农村医疗救助制度，做好新农合与农村医疗救助制度在政策、技术、服务管理和费用结算方面的有效衔接。在县级探索建立新农合与农村医疗救助的统一服务平台，使贫困参合农民能够方便、快捷地获得新农合补偿和医疗救助补助。要加快实现两项制度的信息共享，积极推行贫困农民就医后在医疗机构当场结算新农合补偿和医疗救助补助资金的一站式服务，简化手续，方便贫困农民。
要做好新农合、城镇居民基本医疗保险和城镇职工基本医疗保险制度在相关政策及经办服务等方面的衔接，既要保证人人能够享受基本医疗保障，又要避免重复参合（保），重复享受待遇，推动三项制度平稳、协调发展。
新农合制度的巩固和发展关系到亿万农民的切身利益，是一项重大的民生工程。要继续坚持和完善政府领导，卫生部门主管，多部门配合，经办机构具体承办，医疗机构提供医疗服务，农民群众参与的管理运行机制。各级卫生、财政、农业、民政等相关部门要在各级政府的领导下，加强协调，密切配合，各负其责。卫生部门要充分发挥主管部门的作用，做好政策拟订、组织实施和综合管理工作；财政部门要加大投入力度，加强对财政补助资金和新农合基金的监管；农业部门要做好宣传推广工作，协助筹集资金，监督基金使用；民政部门要做好农村医疗救助工作，加强与新农合制度的衔接，帮助贫困农民解决特殊困难。各部门要根据各自职责，积极支持，共同促进新农合制度不断巩固完善，持续发展。省有关部门每年将对各地新农合筹资、政府配套资金到位、基金管理、补偿方案、农民受益程度和满意度进行综合督查和考核，考核结果将作为基金拨付和绩效评估的主要依据。
