补偿方案制定要坚持以收定支、收支平衡、略有结余的原则，严格执行有关基金结余的规定。各地统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的20%，其中当年统筹基金结余率控制在10%（含风险基金）以内。年底基金结余较多的地区，可以按照《
卫生部关于规范新型农村合作医疗二次补偿的指导意见》（卫农卫发〔2008〕65号）和《
卫生部关于规范新型农村合作医疗健康体检工作的意见》（卫农卫发〔2008〕55号）要求，开展二次补偿或健康体检工作，使农民充分受益。同时，结合实际适当调整下年度统筹补偿方案，不应将二次补偿作为常规性补偿模式。
此外，要做好新农合基金补偿与公共卫生专项补助的衔接，新农合基金只能用于参合农民的医药费用补偿，应由政府另行安排资金的基本公共卫生服务项目不应纳入新农合补偿范围，重大公共卫生服务项目（如农村孕产妇住院分娩）应先执行专项补助，剩余部分中的医药费用再按新农合规定给予补偿。有条件的地区可探索公共卫生经费和新农合基金的总额预付等多种支付管理办法。
四、加大基金监管力度，确保基金安全运行
各地要认真落实省财政厅、省卫生厅等部门《关于进一步规范新型农村合作医疗管理工作的通知》（苏卫基妇﹝2007﹞13号）、《关于转发＜财政部
卫生部关于印发新型农村合作医疗基金财务制度的通知＞的通知》（苏财社〔2008〕45号）和省财政厅《关于转发＜财政部新型农村合作医疗基金会计制度＞的通知》（苏财会〔2008〕13号）要求，从基金的筹集、拨付、存储、使用等各个环节着手，规范基金监管措施，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，保障基金安全运行，确保及时支付农民医药费用的补偿款。新农合基金要全部纳入财政专户管理和核算，并实行收支两条线管理，专款专用。经办机构应配备取得会计从业资格证书的专职财会人员，建立内部稽核制度，合理设置财务会计岗位，会计和出纳不得由一人兼任。基金的使用和费用的补偿，要坚持县、乡、村三级定期公示制度，完善群众举报、投诉、咨询等农民参与监督管理的有效形式，畅通信访受理渠道，及时处理群众反映的问题。
