（七）税政三处
负责城镇土地使用税、房产税、车船税、印花税、筵席税、土地增值税、城市维护建设税、固定资产投资方向调节税、教育费附加、地方教育附加、烟叶税、契税和耕地占用税的税收业务管理；对有关税（费）种的具体业务问题进行解释和处理；负责有关税源监控管理及税收收入分析。
（八）规费管理处
负责社会保险费及规定范围内的其他规费的征收管理；负责社会保险费征收票据缴销、对账和统计；负责组织规费综合性政策调研；负责对有关费种的具体业务进行解释和处理。
（九）科技信息处
拟订信息化建设规划、实施方案并组织实施；负责信息技术体系建设和监督、验收；制定信息化建设和管理规章制度并监督实施；负责信息化建设项目立项、论证、设备配置计划、技术应用标准等管理工作；负责税费征收数据的采集、分析和监控。
（十）财务处
拟订财务管理、基本建设管理等办法并组织实施；审核汇编部门预算、决算；负责会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；负责地方税务系统的国库集中支付工作；负责资产购置、使用、处置、清理等工作；负责地方税务系统内部审计。
（十一）宣传教育处
负责地方税务系统思想政治建设、精神文明建设、文化建设和基层建设工作；拟订地方税务系统人员培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划并组织实施；审核机关业务培训计划；负责培训质量考核与评估；负责教育培训项目的开发与管理；负责教育培训经费的预算及管理。
（十二）人事处
负责地方税务系统的机构编制、人事和队伍建设工作；承担管理权限内的干部任免、考核和领导班子管理工作；参与制定干部教育培训规划；负责国家税务总局组织的学历教育人员、参加党校学习人员和处级干部各类学习、培训人员的选调、派遣；办理出国（境）人员的有关事务。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
离退休人员办公室
负责机关和直属单位离退休人员工作，指导省以下地方税务系统的离退休人员工作。
四、人员编制
云南省地方税务局机关行政编制96名（含离退休工作人员编制5名）。其中，局长1名（正厅级）、副局长4名（副厅级），正处级领导职数16名（含总经济师1名、总会计师1名、机关党委专职副书记1名、离退休人员办公室主任1名），副处级领导职数15名（含离退休人员办公室副主任1名）。
