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完善基本医疗保险管理体制。全面落实国家基本医疗保险制度及相关政策，逐步提高统筹层次。有效整合基本医疗保险经办资源，降低管理成本，提高管理效率，逐步实现城乡基本医疗保险行政管理的统一。
（二）建立高效规范的医药卫生机构运行机制
公共卫生机构收支全部纳入预算管理。专业公共卫生服务机构的人员经费、发展建设和业务经费由政府全额安排，按照规定取得的服务收入上缴财政专户或纳入预算管理。按照承担的职责任务，政府合理确定人员编制、经费标准，明确各类人员岗位职责，严格人员准入，实行绩效工资制度，建立能进能出的用人制度，提高工作效率和服务质量。
转变基层卫生机构运行机制。政府举办的城市社区卫生服务中心（站）和苏木乡镇卫生院等基层医疗卫生机构，要严格界定服务功能，明确规定使用适宜技术、适宜设备和基本药物，为群众提供低成本服务。探索实行收支两条线、公共卫生和医疗保障经费的总额预付制度等多种办法，严格收支预算管理，提高资金使用效率。改革药品加成政策，实行药品零差率销售。建立以服务为核心、以岗位责任为基础的考核和激励制度，形成保障公平与效率的长效机制。
建立规范的公立医院运行机制。公立医院要遵循公益性质和社会效益原则，坚持以病人为中心，优化服务流程，规范用药、检查和医疗行为。建立和完善医院法人治理结构，明确所有者和管理者的责权，形成决策、执行、监督互相制衡，有责任、有纪律、有约束的竞争机制。推进医药分开，积极探索多种有效方式逐步改革以药补医机制。通过设立药事服务费等方式，取消医疗机构药品加成，适时调整医疗服务价格、增加政府投入、改革支付方式等措施，完善公立医院经费补偿机制。
改革干部人事和分配制度。建立院长任职资格、岗位职责、选拔任用、考核评价、教育培训、激励约束和问责奖惩机制。正、副院长任职资格条件由卫生行政部门制定，并由出资人和有关部门组织公选委员会进行公开选拔。按照公开、平等、竞争和择优原则，实行医院员工全员聘用制度和岗位责任管理。进一步推行分配制度改革，实行工资总额管理，并按照按劳分配和生产要素分配相结合的原则，扩大医疗机构分配自主权。实行以服务质量及岗位工作量为主的综合绩效考核和岗位绩效工资制度，有效调动职工积极性。
健全医疗保险经办机构运行机制，完善内部治理结构和激励约束机制，提高医疗保险经办管理能力和效率。
（三）建立政府主导的多元卫生投入机制
确立各级政府在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导作用。各级政府要逐步提高政府卫生投入占卫生总费用的比例，明显减轻居民个人基本医疗卫生费用负担，政府卫生投入增长幅度要高于财政经常性支出的增长幅度，使政府卫生投入占经常性财政支出的比重逐步提高。要逐步提高人均公共卫生经费，健全公共卫生服务经费保障机制。新增政府卫生投入重点用于支持公共卫生、农村牧区卫生、城市社区卫生和基本医疗保障。政府负责其举办的苏木乡镇卫生院、城市社区卫生服务中心（站）按国家规定核定的基本建设、设备购置、人员经费和日常维持运转费用，使其正常运行。城乡基层民办医疗卫生服务机构，承担公共卫生服务任务部分，可采取购买服务等方式核定政府补助。支持嘎查村卫生室建设，并对乡村医生承担的公共卫生服务给予合理补助。
改革完善政府所属公立医疗机构财政补助方式。各级财政对政府所属公立医疗机构的补助由按人员数或床位数补助转变为专项补助，主要用于基本建设和设备配置，扶持重点学科发展，符合国家规定的离退休人员费用和补助政策性亏损，对突发事件救治、发展社区卫生服务、贫困患者医疗救治、人才培养、支农、支边、援外等给予专项补助。对蒙中医医院、传染病医院、精神病医院、职业病防治医院、妇产医院、儿童医院等在投入政策上给予适当倾斜。同时，建立医疗机构收治无主、贫困、突发事件患者专项医疗补助制度。
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