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完善公立医院经费补偿机制。政府保障公立医院基本建设、设备购置、业务培训、新建或改扩建公立医院开办经费和符合国家规定的离退休人员费用。对公立医院提供的基本医疗服务，按照其所提供的服务工作量、服务质量核定补助；对承担的公共卫生服务、政策性亏损、非医方责任的医疗欠费等给予专项补助；对临床重点学科建设、科研教学、特色专科专病发展等在投入政策上予以倾斜。
（十三）改革公立医院管理体制。
建立公立医院法人治理结构。形成决策、执行、监督三者权责分明、协调配合、相互制约的管理体制。医院管理委员会为决策部门，由社会人士代表、医院代表和政府部门代表共同组成，按章程运作，对政府负责。医院领导班子为执行部门，依法管理医院事务，执行医院管理委员会的决策部署，按医院管理委员会要求以及职责和制度运行，对医院管理委员会负责。建立职工（代表）大会、社会公众和行业监管为主要内容的多元监督机制，对公立医院运行管理、功能体现等进行有效监督。
界定公立医院功能和服务标准。根据国家标准，结合市民对健康的需求和财政负担能力，界定我市基本医疗的范围。卫生行政部门要颁布不同级别公立医疗机构基本医疗服务标准，技术规范、价格标准和病人安全作业指引，建立开放性公共医疗技术评价平台，促进公立医院推行标准化的基本医疗服务。
提高公立医院运转效率。建立同级公立医院大型设备辅助检查、检验结果互认制度，降低医疗服务成本。通过实施委托管理等方式，促进新建医院尽快实现规划设计目标。鼓励公立医院组建医院管理集团，并建立法人治理结构。完善公立医院专科门诊服务制度，进一步分离普通门诊与专科门诊，分类整合专科优势资源，逐步推行专家门诊预约服务。
（十四）建立引导社会力量办医运行机制。
适度放开医疗服务市场。积极引导社会力量合资、独资办医或参与部分公立医院改制重组。积极推动在CEPA框架下香港与我市医疗卫生部门的交流与合作，鼓励台、港、澳医疗机构与我市医疗机构合资合作兴办医院。欢迎获得大陆医师资格的港澳台医师来深执业。
完善社会力量办医优惠政策。社会力量举办的非营利性医疗机构，政府在用房用地、政策补贴等方面给予一定的扶持，在医疗保险偿付标准、人才引进、人员培训、科研立项和职称评定等方面给予与政府举办医疗卫生机构同等待遇。对国内外著名大学、知名医学专家和医疗服务连锁经营机构来深办医，给予优先规划和优先准入，在机构选址、技术准入、社会医疗保险定点机构准入、人才引进等方面给予政策扶持。营利性医疗机构提供的公共卫生服务可以按规定获得政府补助。
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