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建立全行业管理体制。进一步强化卫生行政部门的发展规划编制、资格准入管理、规范标准制定、医疗服务监管、卫生绩效评估、行业信息发布等全行业管理职能。市内各级各类医疗卫生机构及其从业人员，不论所有制性质、投资主体、隶属关系和经营性质，均由市、区两级卫生行政部门按照分工负责制的原则，实施统一规划、统一准入和统一监管。
强化区域卫生规划引导作用。加强区域卫生规划与城市发展规划、土地利用规划等的衔接。制订实施深圳市医疗机构设置规划，按实际管理人口规模，明确各级各类医疗机构和公共卫生机构的总量、结构比例、功能配置、区域分布，平衡供需矛盾。针对不同类别区域，优化配置现有医疗卫生资源，系统配置不同规模和功能的新增医疗卫生机构，防止无序竞争。对卫生事业发展相对滞后的区域，给予特殊倾斜政策，实现区域卫生事业均衡发展。合理控制公立医院的总量，严格控制建设规模和标准。
（九）建立严格有效的医疗卫生监督管理体制。
卫生行政部门要以实现公共服务目标和提高医疗服务质量为核心，完善医疗机构资格准入和退出机制，强化对医疗卫生机构、人员和技术准入的监管。建立健全医疗服务规范和质量控制标准，强化对医疗卫生机构服务行为监管，督促其健全质量控制体系，保障群众医疗安全和就医权益。建立科学的医疗卫生机构整体管理绩效评估指标体系，强化对医疗卫生机构的绩效管理。健全多元化的医疗卫生机构监督约束机制，鼓励和引导公民、法人和其他组织对医药卫生服务体系、医疗卫生服务机构和相关服务项目的运行绩效进行独立评价和监督。
（十）建立科学合理的医药价格形成机制。
规范医疗服务价格管理。对非营利性医疗机构提供的基本医疗服务，实行政府指导价，其它的由医疗机构自主定价。对不同级别的医疗机构和医生提供的服务，实行分级定价。以广东省基本医疗服务指导价格为基准，根据我市财政补助的实际情况，核定政府举办医疗机构服务项目收费标准。研究探索按病种收费等收费方式改革。建立医用设备仪器价格监测、检查治疗服务成本监审及其价格定期调整制度。
改革药品价格形成机制。加强政府对药品价格的监管，着力抑制虚高定价。进一步规范医疗机构药品、医用耗材采购行为。政府举办的医疗机构优先采购国产药品、制剂，降低医疗服务成本。政府举办的社区卫生机构实行药品零差率销售，药品收入不再作为其经费的补偿渠道。逐步在公立医院改革"以药补医"机制，通过设立药事服务费等方式逐步改革药品加成政策，药事服务费全部纳入基本医疗保险报销范围。政府举办的医疗机构因调整医药服务价格造成的政策性亏损纳入财政补助范围。
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