工程资金实行省级统筹，市、县（区）负责，多渠道筹措的原则，积极争取中央补助。市人民政府将根据市本级内抗震加固、消除安全隐患实际情况安排专项资金，对市区薄弱学校和边远农村中小学给予适当补助。
各县（区）人民政府、管委会负责筹措本地区中小学校舍安全工程所需资金，切实加大工程资金投入，在整合目前与中小学校舍安全有关的各项资金和项目的基础上，每年要新增一定数额的专项资金，用于校舍安全工程的建设。省、市下达各地的农村税费改革转移支付用于农村义务教育的专项补助资金，除按定额安排中小学生均公用经费和教师工资外，其余主要用于中小学校舍安全工程建设。
各县（区）人民政府、管委会要切实加大对校舍安全工程的投资力度，将工程资金列入财政预算，确保资金及时、足额到位，防止学校出现新的债务，鼓励社会各界捐资捐物支持校舍安全工程建设。
健全工程资金管理制度。市、县（区）中小学校舍安全工程办公室设立资金专户，对中小学校舍安全工程专项资金实行分账核算，集中支付，专款专用，封闭运行。省级整合和新增安排的专项资金以及市、县（区）安排的专项资金，全部纳入资金专户管理。工程资金不能顶替原有投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。资金拨付按照财政国库管理制度有关规定执行，严格杜绝挤占、挪用、克扣、截留、套取工程专款，保证按工程进度拨款，不得拖欠工程款。
认真做好税费减免工作。中小学校舍安全工程建设执行《
国务院办公厅转发教育部等部门关于进一步做好农村寄宿制学校建设工程实施工作若干意见的通知》（国办发〔2005〕44号）和《江西省人民政府办公厅转发国办发〔2005〕44号文关于进一步做好农村寄宿制学校建设工程实施工作若干意见的通知》（赣府厅发〔2005〕57号）有关减免行政事业性和经营服务性收费等优惠政策。
各县（区）人民政府、管委会要把降低建设成本作为一项重要工作抓紧抓实，出台优惠政策，减免各项建设收费，确保工程资金真正用在学校建设上。中小学校舍安全工程涉及的行政事业性收费和政府性基金，均应予以免收；涉及的经营服务性收费，在服务双方协商的基础上，提倡各有关单位从支持中小学校舍安全工程的角度予以减收或减免；鼓励企业以提供免费服务的形式，通过非营利的社会团体和机关进行捐赠，捐赠准予在缴纳企业所得税前的所得额中全额扣除。对表现优秀的企业和个人，可给予适当奖励和表彰。
