（一）动员阶段（2009年9月10日至10月30日）。本方案下发实施后，各区县（自治县）水利（水务、农机）局及有关处室、直属事业单位要结合实际，对专项治理工作进行安排部署，研究制定细化方案，并于2009年10月30日前上报领导小组。
（二）自查阶段（2009年11月至2010年2月）。各区县（自治县）水利（水务、农机）局、相关责任处室要对照有关法律法规和政策规定，对2008年以来由政府投资和使用国有资金项目，特别是扩大内需项目进行全面排查。认真查找项目决策、规划审批、项目核准、行政许可、勘察设计和工程招标投标、征地移民、物资采购、资金拨付和使用、施工监理、工程质量、生产安全、工程建设实施等重点部位和关键环节的突出问题，摸清底数。针对发现的问题和隐患，从主观认识、法规制度、权利制约、行政监管、市场环境等方面，分析原因，提出改进的措施和办法，明确治理工作的目标和责任要求，增强治理工作的科学性、预见性和实效性。自查报告于2010年2月10日前书面报领导小组。
（三）整改阶段（2010年3月至2011年4月）。各区县（自治县）水利（水务、农机）局、相关责任处室要严格按照专项治理工作的任务分解，认真履行职责，切实把中央加强工程建设监管、深化体制改革、创新机制制度的要求落到实处。有关情况于2011年4月10日前书面报告领导小组。领导小组将组织督查。
（四）巩固阶段（2011年5月至2011年12月）。领导小组对专项治理工作情况进行检查验收。对搞形式、走过场，达不到目标要求的，要责令整改落实，切实做到不留死角，不打折扣。2011年10月，各区县（自治县）水利（水务、农机）局、相关责任处室要对专项治理工作进行系统总结，并于2011年10月20日前上报领导小组。
四、工作要求
（一）加强领导落实责任，统筹兼顾形成合力
区县水利部门、相关责任单位要加强专项治理工作的组织领导，建立健全水利建设领域突出问题专项治理工作责任制，落实任务分工。区县（自治县）水利（水务、农机）局要由主要领导亲自抓，分管领导具体抓，并落实业务骨干负责联络和实施具体工作。各责任处室也要明确专人负责治理工作，牵头单位要切实负起责任，及时沟通情况，主动协调配合单位，抓好任务分解范围内的专项治理工作，要严格按照本方案完成各阶段治理工作，并及时向领导小组办公室报送相关材料；各协办单位要密切配合，按牵头单位要求提供相关信息、材料，齐抓共管，形成合力，协助牵头单位切实把专项治理工作抓好。要充分认识开展水利工程建设领域突出问题专项治理工作的重要性和紧迫性，将其列入重要议事日程，统筹兼顾抓好水利工作。要把排查问题、整改落实、加强监管、完善制度有机衔接起来，协调推进。要把专项治理工作与加强日常监管结合起来，努力取得既解决当前突出问题又促进工作长远发展的综合效果。要把专项治理工作与扩内需促增长监督检查、“五个重庆”建设和监督、治理商业贿赂工作、推进政务公开、纠正损害群众利益的不正之风相结合，扎扎实实推进专项治理工作。
（二）加强监督检查，注重工作实效
要抽调专人组成专项治理监督检查组，着力对项目决策、规划审批、招标投标、物资采购、计划执行、资金安排使用、质量安全、工程进度等重点环节和内容进行监督检查。对发现的问题，各监督检查组要现场与被检单位沟通信息或会商情况、交换意见，或召开督查反馈会议，及时向有关单位通报发现的问题，提出整改意见或建议。在每一阶段督查完成后，各监督检查组要向被检单位书面指出存在的问题，要求采取有效措施及时整改。各监督检查组要对专项治理督查工作进行阶段小结和年度总结，要列出问题清单，报告整改落实情况及说明原因等。
（三）严肃工作纪律，查纠违法违纪行为
