民办中小学（幼儿园）的校舍安全工程经费由投资方负责，当地政府给以指导、支持并实施监管。
校舍安全工程资金实行分账核算，专款专用，不能顶替原有投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。建立资金管理责任追究制度，严格杜绝挤占、挪用、克扣、截留、套取工程专款，切实保证资金安全。校舍安全工程建设执行《
国务院办公厅转发教育部等部门关于进一步做好农村寄宿制学校建设工程实施工作若干意见的通知》（国办发〔2005〕44号）有关减免和优惠政策，对“安全工程”建设过程中涉及的行政事业性收费和政府性基金，均予以免收；涉及的经营服务性收费，在服务双方协商的基础上，提倡各有关单位从支持农村义务教育事业发展的角度予以减收或免收；鼓励企业以提供免费服务的形式，通过非营利的社会团体和国家机关向“安全工程”进行捐赠，这部分捐赠准予在缴纳企业所得税前的所得额中全额扣除。要切实加大对“安全工程”收费的监督检查力度，严禁收取国家明令取消的行政事业性收费和政府性基金，对自立项目、超标准收费等乱收费行为，要依法予以查处。
（五）严格程序。中小学校舍安全工程建设要严格遵循基本建设程序，按照调查、鉴定、核实、确认、规划、初设、地勘、设计、报建、招标、合同、施工、质量监督与监理、工程验收、结算审计、工程档案归档等过程组织项目实施。坚持先勘察、后设计、再施工的原则，建设、鉴定、检测、勘察、设计、施工、监理等单位都必须严格执行《
建筑法》、《
防震减灾法》、《
建设工程质量管理条例》、《
建设工程安全生产管理条例》等有关法律法规。落实项目法人责任制、招投标制、工程监理制和合同管理制。加强工程质量管理，严格执行有关建设标准。实施校舍安全工程的建设单位和鉴定、检测、勘察、设计、施工、监理等各方责任主体，要严格遵守工程建设强制性标准，全面落实质量责任。
（六）强化监督。中小学校舍安全工程要公开透明，建立公示制度，实行全过程社会监督，其技术标准、实施方案、工程进展和实施结果等要向社会公布，所有项目公开招投标，建设和验收接受新闻媒体和社会监督。要充分发挥监察、审计、安全监管等部门的作用，建立公正、合理、高效的监管机制，防止腐败现象，对弄虚作假行为要严肃处理，做到确保工程质量，确保资金效益，确保工程经得住灾害的考验，经得起时间和历史的检验。
