根据上述职责，省水利厅设9个职能处室：
　　（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、保卫、信访、政务公开、宣传等工作。
　　（二）政策法规处。起草水利地方性法规、规章草案，研究拟订水利工作的政策；制定重点课题调研计划并组织实施；指导水利行政许可工作；承办厅行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作。
　　（三）规划计划处。拟订水利发展中长期规划，组织编制和审查省内大中河流和重要地区水利综合规划、专业规划和专项规划，协调流域开发工作；指导水工程建设合规性审查工作，审核省内重点水利项目建议书和可行性研究报告，负责省级水利投资计划管理工作；承担水利综合统计工作。
　　（四）建设处（挂安全监督处牌子）。指导水利工程建设管理，拟订水利建设的行业技术标准、规程、规范、定额并监督实施，组织实施水利工程建设的监管，审核、审批省内重点水利项目初步设计；指导水利建设市场的监督管理，负责水利工程咨询、设计、监理、施工、检测、造价、质量与安全监督的管理；依法承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝和江堤、海塘的安全监管，组织实施水利工程建设安全监督；组织、指导水利工程项目稽察。
　　（五）水资源与水土保持处（挂省节约用水办公室牌子）。组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查评价工作，发布全省水资源公报；指导水量分配，实施水资源总量控制和定额管理，组织指导水功能区划和水资源调度工作并监督实施，指导入河排污口设置工作；指导饮用水水源保护、城市供水水源规划和城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作，指导地下水资源开发利用和管理保护；指导水生态保护与修复工作；指导计划用水和节约用水工作；组织实施水土流失监测、预报并公告；负责有关建设项目水土保持方案的审核、审批并监督实施以及水土保持设施的验收工作；承担省水资源管理和水土保持工作委员会办公室的日常工作。
　　（六）财务审计处。编制省级水利部门预算；指导、监督省级水利资金和直属单位国有资产的管理；指导直属单位财务管理、会计核算工作，组织审计直属单位经济活动情况；承办机关财务；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
　　（七）科技外事处。组织编制水利科技发展规划，组织水利科学研究、技术推广；组织拟订水利行业技术标准、规程、规范并监督实施；负责国际合作与交流；管理有关学会。
　　（八）水政处（挂省水政监察总队牌子）。组织、指导并监督水政监察和水行政执法工作。拟订水利执法监督和案件查处的有关规定；监督检查水利法律、法规、规章、规划、行政许可的实施；协调、指导水事纠纷的处理，查处重大水事违法事件；组织、指导水利法制宣传教育工作。

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