加强医护文书档案的管理，为参合病人建立门诊和住院病历，并在首页标注“新农合”标识，按照病历（病案）管理的有关规定，准确、完整地记录诊疗过程，妥善保存病历（病案）资料。加强信息化建设，在定点医疗机构信息系统标识全省统一的新农合基本药物和诊疗项目目录，并实现定点医疗机构信息系统与新农合信息系统的互联互通。
探索支付方式改革，控制医药费用不合理支出。推广单病种定额付费和限额付费制度，合理确定病种收费标准，不断扩大病种范围。逐步将卫生部制定临床路径的病种纳入单病种定额付费范围。探索门诊费用总额预付或总额核算的支付方式。开展老年白内障、儿童先天性心脏病、儿童单纯性唇裂病人定点就医、定额补偿试点，确定试点县（市、区），不断总结经验，扩大病种，降低患者就医负担。
七、严格基金监管，规范基金使用
各级卫生、财政部门要加强新农合基金管理与监督，认真执行新型农村合作医疗基金财务会计制度，以及新农合财政补助资金国库集中支付管理暂行办法。在基金的筹集、拨付、存储、使用等各个环节，规范基金监督措施，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，保障基金安全运行。新农合基金全部纳入财政专户管理和核算，并实行收支两条线管理，专款专用。经办机构应配备取得会计从业资格证书的专职财会人员，建立内部稽核制度，合理设置财务会计岗位，会计和出纳不得由一人兼任。严格执行有关基金结余的规定。新农合统筹基金当年结余率原则上控制在15%以内，累计结余不超过当年统筹基金的25%。年底基金结余较多的地方，可以开展二次补偿，使农民充分受益，但不应将二次补偿作为常规补偿模式。
完善县、乡、村三级定期公示制度。各地要定期公示新农合基金使用情况、定点医疗机构医药费用情况以及农民获得补偿情况，接受社会监督。加强对基金筹集、管理和使用各环节的审计，审计结果要向同级政府和上级审计、财政、卫生等部门报告，并以适当方式向社会公开。
做好新农合基金补偿与公共卫生服务专项补助的衔接，新农合基金只能用于参合农民的医药费用补偿，应由政府另行安排资金的基本公共卫生服务项目不应纳入新农合补偿范围。重大公共卫生服务项目和突发公共卫生事件涉及的病种（如：农村孕产妇住院分娩等）应先执行专项补助，剩余部分中的医药费用再按新农合规定给予补偿。坚持公平、公正、公开的原则，不得擅自提高特殊人群的补偿比例。有条件的地区可探索公共卫生经费和新农合基金的总额预付等多种支付管理办法相结合。对于参合农民同时参加商业医疗保险或符合其他政策规定费用优惠的，应先执行商业保险赔付或优惠政策，再对参合农民医疗总费用按新农合补偿规定给予补偿。严格按照健康体检工作的规定，规范健康体检项目、程序和支付标准。新农合基金补偿方案的调整，要经市级卫生、财政、农业等部门审核，报省卫生、财政、农业等部门备案，严禁擅自调整新农合基金补偿比例和方案。
八、加强新农合制度与相关制度的衔接
