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防沙治沙目标责任考核工作与实施《全国防沙治沙规划》和《西藏自治区防沙治沙规划》相结合，每五年为一个考核期，在考核期的期中开展中期督促检查，在考核期结束后开展期末综合考核。
（一）防沙治沙目标责任中期考核。
中期督促检查在每个考核期的第三年进行，重点检查防沙治沙各项措施落实情况。中期督促检查之前，由各地（市）行署（人民政府）组织自查，并形成自查报告，在检查年度的上一年10月底前报自治区考核工作组各成员单位。自治区考核工作组在检查年度的上一年12月底前开展中期督促检查工作，通过听取汇报、查阅资料、座谈了解、现场调查等形式，检查各地（市）前两年防沙治沙各项措施落实情况。
自治区林业局会同自治区有关部门于检查年度的2月底前将中期督促检查情况上报自治区人民政府，自治区人民政府于检查年度的3月底将中期督促检查情况上报国家考核工作组各成员单位。对中期督促检查中发现的问题，由自治区考核工作组及时向各地（市）行署（人民政府）反馈，并提出整改意见。
（二）防沙治沙目标责任期末考核。
期末综合考核在考核期结束的次年进行，对五年来各地（市）行署（人民政府）防沙治沙工作绩效和尽责情况开展全面检查，进行综合考核。根据防沙治沙工作的实际，综合考核内容包括防治任务完成情况、防治措施落实情况和保障措施落实情况三个部分，在此基础上再细化考核内容并进行量化评分，总分为100分。
考核结果分为工作突出、工作合格和不合格三个等级。考核得分在85分以上的认定为工作突出，60～85分的认定为工作合格，59分以下的认定为不合格。
期末综合考核之前，由各地（市）行署（人民政府）组织自查，并形成自查报告，于考核年度的上一年10月底前报自治区考核工作组各成员单位。自治区考核工作组在考核年度的上一年12月底前开展综合考核工作，对防治任务完成情况的考核，以有关部门每年开展的植树造林、种草、小流域综合治理等任务完成情况的核查结果作为参照依据，分别由自治区林业局、水利厅、农牧厅等相关主管部门按照各自的标准规程进行抽查统计，汇总后按照评分标准进行评分。对各项措施落实情况的考核，由自治区考核工作组通过听取汇报、查阅资料、座谈了解、现场调查等形式，按照评分标准逐项进行评分。
自治区林业局会同自治区有关部门于考核年度的2月底前将期末综合考核结果上报自治区人民政府，自治区人民政府于考核年度的3月底前将期末综合考核结果上报国家考核工作组各成员单位。考核结果经自治区人民政府审定后，由自治区林业局向各有关部门和各地（市）行署（人民政府）进行通报。对认真履行防沙治沙目标责任且考核结果为工作突出的地（市）行署（人民政府），予以表扬；考核结果为不合格的地（市）行署（人民政府），应在考核结果通报后一个月内，向自治区人民政府作出书面报告，提出限期整改措施，并抄送自治区考核工作组各成员单位。
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