2.3.1各县（市）区政府：成立相应的组织机构，切实加强领导，密切配合卫生部门做好辖区内高危人群的摸底工作，加强辖区内居民防治知识的宣传普及，同时搞好辖区内环境卫生。
2.3.2卫生部门：负责指挥、协调、管理本行政区域区内手足口病防控工作；组织协调医疗卫生机构开展流行病学调查、预防控制、临床诊断、医疗救治和实验室检测工作；提出防控措施和医疗救治方案；组织开展手足口病应急培训和演练；组织专家组对重症手足口病病例进行会诊；提出经费和药品、医疗设备、防护用品等物资需求计划；督导检查手足口病应急处理工作；开展爱国卫生运动，普及健康教育知识，提高广大群众特别是婴幼儿防病能力；加强与有关部门的协调与配合，建立部门之间信息沟通和固定联络员制度，及时与有关部门交流协商，形成多部门共同参与的联防联控机制。
2.3.3教育部门：切实加强托幼机构、中小学校的预防、控制、宣传和教育工作，认真落实晨检制度，加强对因病缺课学生的管理，每天及时将晨检结果报告市疾控中心和各农村卫生工作管理站。同时全面整治环境卫生，加强饮水、饮食卫生安全管理。
2.3.4爱卫部门：积极开展全民爱国卫生运动，搞好环境卫生，消除病源生物孳生地。
2.3.5民政部门：负责特困人群的社会医疗救助，把防病治病所需药品、器械纳入救助内容。
2.3.6公安部门：严肃查处蓄意炒作、传播谣言的人和事，对拒不执行隔离治疗或医学观察措施的手足口病病人和疑似病人必要时采取强制控制措施。
2.3.7财政部门：根据防治工作需要，及时提供有力的经费保证。
2.3.8食品药品监督管理部门：负责药品质量监督，加大对假冒伪劣药品的查处力度。
2.3.9新闻部门：把握正确的舆论导向，加强统一管理，严肃宣传纪律，尊重科学，实事求是，以正面报道为主做好宣传和报道工作。纪检、监察部门：负责查处防治工作中的失职、渎职行为。
3.疫情判定及分级
3.1疫情判定。
病例诊断按照《手足口病预防控制指南》（2008年版）规定的病例定义进行。
3.1.1病例定义。
3.1.1.1临床诊断病例。
普通病例：急性起病，发热，手掌或脚掌部出现斑丘疹和疱疹，臀部或膝盖也可出现皮疹。皮疹周围有炎性红晕，疱内液体较少；口腔粘膜出现散在的疱疹，疼痛明显。部分患儿可伴有咳嗽、流涕、食欲不振、恶心、呕吐和头疼等症状。
重症病例：①有手足口病的临床表现的患者，同时伴有肌阵挛，或脑炎、急性迟缓性麻痹、心肺衰竭、肺水肿等。②手足口病流行地区的婴幼儿虽无手足口病典型表现，但有发热伴肌阵挛，或脑炎、急性迟缓性麻痹、心肺衰竭、肺水肿等。
3.1.1.2实验室诊断病例。
临床诊断病例符合下列条件之一，即为实验室诊断病例：
①病毒分离。
自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液或疱疹液、以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中分离到肠道病毒。
