国家重大专项资金配套实行立项审核制度。
市责任部门应按照本办法有关规定，对拟推荐的项目和项目依托单位提出的资金配套方案进行预审，拟订资金配套承诺书，报市审核小组备案后向中央有关部门或重大专项组织单位出具资金配套承诺书。经市审核小组评审确定予以地方政府配套资金（以下简称“配套资金”）的，所需配套资金列入市责任部门的部门预算，或由市财政在国家重大专项经费中统筹安排。
第六条 （国家重大专项分类配套）
本市项目依托单位承担国家重大专项的，按以下原则予以配套：
（一）对中央有关部门或重大专项组织单位有明确地方政府配套要求的项目，原则上按确定的比例予以配套；
（二）对中央有关部门或重大专项组织单位有明确的配套要求但未明确地方政府配套比例的项目，原则上按不超过中央有关部门或重大专项组织单位配套要求额度的50%予以配套，最高不超过获得国家拨付经费的额度；
（三）对中央有关部门或重大专项组织单位没有明确配套要求的项目，按实际获得国家拨付经费的20%予以配套。
因特殊情况需要超比例提供配套资金的国家重大专项，由市责任部门提出资金配套方案建议，报市审核小组审定后予以配套。
第七条 （配套资金使用标准和范围）
配套资金可按照《上海市科研计划课题预算编制要求的说明》中规定的标准和范围，用于项目参与人员的劳务费支出。项目依托单位应按实编制预算，报市责任部门批准后执行。用于劳务费的支出，最高不超过实际国家拨付经费的10%。
第八条 （配套资金核拨）
配套资金的核拨与项目立项、中期执行情况检查和项目验收相结合，实行一次核准、分期拨款。
国家重大专项配套项目经立项评审确定后，由项目依托单位向市责任部门申请配套资金，市财政局根据市审核小组的审核结果，按财政资金支付管理的有关规定核拨。
项目依托单位首次申请配套资金时（以未配套的国家拨付经费为依据），应向市责任部门提供项目基本情况表、立项批文、合同书和任务书、银行到款凭证；再次申请配套资金时，应提供项目进展情况表及国家拨付经费银行再次到款凭证；申请配套资金尾款时，应提供项目的验收报告、专家验收意见和国家拨付经费银行末次到款凭证。
