（一）市区新设立的集装箱码头企业，投资规模在10亿元人民币以上的，从企业获利当年度起两年内地方税收留成部分作为奖励补贴企业；已设立的集装箱码头企业，自2009年起三年内企业集装箱年吞吐量增长幅度超过GDP增长幅度的，企业所得税增量的市、区留成部分作为奖励补贴。
（二）对已在南通港开辟的国际集装箱班轮航线、沿海内贸直达航线（不含内支线）且航线连续运行一年以上的船舶公司实施财政补贴，主要补贴与上海港相比超出的引航费、拖轮费等港口使用费，按照航线密度、运营箱量，国际航线一次性补贴60～100万元，沿海内贸直达航线一次性补贴30～80万元。
鼓励集装箱码头企业采取“包航线”的办法，吸引国内外船舶公司在南通港新开辟直达港、台、日、韩及东南亚的近洋国际航线。对集装箱码头企业采取“包航线”办法开通的航线实行三年培育期，航线实际发生的亏损，市财政在三年内实施补贴。第一年每条航线最高补贴为200万元，后两年补贴额按25%的比例逐年递减。对新开辟的沿海内贸直达航线（不含内支线），且连续经营一年以上的，视箱量情况，一次性补贴60～100万元。
（三）对在南通港开辟航线的船舶公司，全年完成集装箱达到一定标准后实施奖励：吞吐量达到2万～5万（含）标箱的，每重箱奖励25元；吞吐量达到5万～10万（含）标箱的，每重箱奖励30元；吞吐量达到10万标箱以上的，每重箱奖励50元。其中中转箱每重箱奖励20元。
（四）自2009年起，在南通市区注册、纳税的货代公司，利用南通港口岸装卸集装箱，以上年为基数，每增加1个外贸重箱奖励25元，增加1个内贸重箱奖励15元；年进出口集装箱（重箱）达到1万标箱的，一次性奖励10万元。
对南通市区域内生产、贸易企业，以上年度为基数，从南通港年进出口箱量（重箱）每增加1标箱，奖励40元；增加箱量超过3000标箱的部分，每标箱奖励60元；对南通市区域外生产、贸易企业，以上年度为基数，从南通港年进出口箱量（重箱）每增加1标箱，奖励50元；增加箱量超过3000标箱的部分，每标箱奖励60元。
四、改进完善管理机制，优化发展环境
（一）建立港口集装箱运输例会机制。由市口岸委牵头召集各相关口岸查验单位、码头公司、代理公司等，定期召开会议，研究解决港口集装箱运输中存在的问题。
（二）加快推进通关制度改革，实行5＋2全天候工作制，进一步加快集装箱通关速度，提高通关质量。各口岸查验单位、集装箱码头企业以及代理等单位，要充分利用现有的港航EDI信息平台，实行互联互通、资源共享，逐步使国际集装箱运输运量采用电子数据交换，实现集装箱电子舱单数据共享，提高通关效率。
