三、内设机构
根据上述职责，云南省宗教事务局机关设6个内设机构（正处级）。
（一）办公室
承办机关的文秘、督办、信访、机要、档案、安全保密等工作；负责机关和直属单位的机构编制、人事、行政监察、离退休人员和党群工作；负责机关财务、国有资产管理、基建等工作；负责机关信息化建设，发布网络信息和政务信息；负责涉外交往和联系等方面的综合协调工作。承办机关综合性会议及大型活动。
（二）政策法规处
起草或拟订宗教事务的地方性法规草案和规范性文件并督促实施；组织推动宗教政策、法律法规的宣传教育和贯彻实施；负责机关行政许可事项和行政复议工作；负责组织、协调涉及宗教政策问题的材料、书刊及音像制品的审读和审核。
（三）业务一处
承办佛教、道教事务管理工作。负责涉及佛教、道教活动场所和宗教教职人员等行政审批、行政许可性事项的审批和备案工作；负责指导各地宗教事务部门依法对佛教、道教事务进行管理；指导、帮助全省性佛教、道教团体依法依章开展工作；承担联系佛教、道教界人士的工作。
（四）业务二处
承办天主教、基督教事务管理工作。负责涉及天主教、基督教活动场所和宗教教职人员等行政审批、行政许可性事项的审批和备案工作；负责指导各地宗教事务部门依法对天主教、基督教事务进行管理；指导、帮助全省天主教、基督教团体依法依章开展工作；承担联系天主教、基督教界人士的工作。
（五）业务三处
承办伊斯兰教事务管理工作。负责涉及伊斯兰教活动场所和宗教教职人员等行政审批、行政许可性事项的审批和备案工作；负责指导各地宗教事务部门依法对伊斯兰教事务进行管理；承担管理伊斯兰教朝觐事务；指导帮助全省伊斯兰教团体依法依章开展工作；承担联系伊斯兰教界人士的工作。
（六）业务四处
负责“五大宗教”以外的民间宗教事务管理工作，承办设立宗教院校相关事务和具体指导工作；负责对民间宗教及宗教院校有关问题进行调查研究并提出政策和工作建议；负责指导各地宗教事务部门依法对民间宗教事务进行管理；配合有关部门做好防范和处理邪教工作。承担联系相关宗教人士的工作。
四、人员编制
云南省宗教事务局机关行政编制42名。其中，局长1名（正厅级）、副局长3名（副厅级），正处级领导职数6名、副处级领导职数7名。
