设施菜田是郊区基本农田的重要组成部分，管理好这部分资产是各级农业行政管理部门义不容辞的责任。各区县农业行政管理部门是设施菜田资产管理的责任主体，区县财政部门应积极配合做好资产管理的相关工作。
市级农业主管部门负责做好市级财政投入形成的资产登记工作，并将市级财政投入建设资金所形成的资产移交区县委托管理。
区县农业行政管理部门可以直接管理资产，也可以责成有关乡镇为资产管理主体。资产管理主体落实以后，项目建设主体必须与资产管理主体办理资产移交手续，明确专人管理，建立养护管理制度，探索有效管理措施，实行财政性资产的动态管理。
五、完善资产登记及档案管理
项目建设单位必须加强会计核算，做好新增资产的登记入账工作。建成的设施菜田应当划区定界，明晰界址，区县农业行政管理部门应将项目建设形成的资产登记汇集成图、表、册，并对承担设施菜田资产管理、运行的责任主体实行登记备案，对设施菜田经营主体资质进行审查和备案。
六、建立健全养护制度
各区县农业行政管理部门及财政部门必须把工程管护与工程建设放在同等重要位置，认真落实管护主体，并做好管护资产的动态监管工作。要按照“谁管理、谁养护”的原则，明确资产管理方和使用方的管理权限和管护责任。资产管理和使用双方必须签订管护协议，明确使用（租赁）期限、经营内容、有偿或无偿使用方式、管护双方职责权限、违约追究等要素。
各区县要以资产管理主体为单位建立维修管护基金，落实管护经费，完善健全资金使用制度。原则上保护地设施从建成起每年每亩落实不低于200元的管护费，露地设施从建成起每年每亩落实不低于25元的管护费。管护经费的主要来源为收取的承包费或租金。管护经费专项主要用于设施菜田基地内管棚设施、道路、沟渠、灌溉系统、仓库等设施的维修、保养。
管护经费实行专户核算，确保专款专用。各区县农业行政部门和财政部门要加强资金使用检查工作，发现挤占、挪用管护资金的行为要严肃查处，必要时应追究相关人员的法律责任。
七、严格保护设施菜田
任何单位或个人不得随意占用设施菜田从事非农建设，不得随意破坏、处置菜田内的温室管棚、道路、沟渠、仓库等各类设施。
