负责保健食品、化妆品卫生许可，组织实施卫生监督管理；负责保健食品、化妆品产品质量的监督管理以及生产、经营单位的资质管理；审批保健食品广告；负责保健食品、化妆品生产、经营、使用环节的质量抽验并发布质量公报。
（七）医药物资储备管理处。
负责组织拟订、调整本市年度医药物资储备目录和储备计划；组织制定并落实专项应急医药物资储备计划及应急供应方案；负责医药物资储备产品质量的监督管理；负责医药物资储备资金的协调落实和保值；负责对过期储备医药物资销毁工作的监督管理；负责拟订遴选医药物资储备实施单位的资质审查办法，并组织实施；协调应急调拨供应工作。
（八）稽查监督处。
拟订本市药品、医疗器械、保健食品、化妆品监督管理稽查制度并组织实施；承担药品安全的应急管理、药品广告审批、产品召回工作；负责互联网药品信息服务和药品交易服务的资格审批及监督管理；负责药品批发、零售企业和医疗器械经营企业资格认定及监督管理；组织药品、医疗器械产品的质量抽验，定期发布质量公报；负责组织、协调、指导本系统稽查执法工作。
（九）科技处（宣传处）。
拟订本系统科技发展规划及年度计划，并组织实施；组织协调科研开发、新技术推广、学术交流等工作；负责药品监督行业的宣传和新闻发布工作；组织、指导本系统干部理论学习、职工思想教育和精神文明建设工作。
（十）财务处。
负责编报部门预决算和管理资金的使用；负责本系统财务、固定资产的管理；组织实施内部审计；承担行政事业性收费的监督管理工作。
（十一）人事教育处。
承担本系统的人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作；负责执行执业药师资格准入制度，组织实施执业药师注册工作。
机关党委 负责机关及直属单位的党群工作。
工会 负责机关及直属单位的工会工作。
纪检、监察机构按有关规定派驻。
四、人员编制
市药监局机关行政编制89名。其中：局长1名，副局长4名；处级领导职数13正（含机关党委专职副书记1名、工会专职副主席1名）20副。
五、其他事项
（一）市药监局由北京市卫生局管理。
（二）本市药品监督管理系统实行垂直管理。
（三）区县分局、直属分局的机构编制事项另行规定。
