水质指标，即流域考核断面水质综合达标率。各断面水质监测数据以人工监测数据（为主）和水质自动监测站监测数据（为辅）为考核依据。
项目指标，即水污染防治项目完成率。水污染防治项目包括专项规划中确定的工业污染治理、城镇污水和垃圾处理设施建设、重点区域污染防治、流域综合整治等项目。相关行政主管部门的验收报告或认可文件为水污染防治项目完成情况的考核依据。
第五条 考核工作采用百分制记分，其中水质指标70分，项目指标30分，综合考评得分在90分及以上者为优秀等级；综合考评得分在80分至89分者为良好等级；综合考评得分在60分至79分者为合格等级；综合考评得分在60分以下者为不合格等级。在流域规划水质指标和项目指标综合考评合格的基础上，根据流域内各市城镇污水处理率、回用率及污染源在线监控设备安装运行及联网情况等工作情况，适当给予加分。
第六条 各市人民政府按年度对专项规划实施情况进行自查，自查内容除水质指标和项目指标外，还包括治理项目投资完成情况、排污单位的废水达标排放情况、城镇污水处理率和生活垃圾无害化处理率及收费情况、饮用水源地保护、在线监控设备安装运行及联网情况等。自查报告于次年1月底前报送省环境保护厅，同时抄送省发展改革委、省监察厅、省财政厅、省住房和城乡建设厅和省水利厅。
第七条 省环境保护厅将会同省发展改革委、省监察厅、省财政厅、省住房和城乡建设厅、省水利厅对各市上一年度专项规划实施情况进行考核，并于每年4月底前将考核结果向省人民政府报告，经省人民政府同意后，报告环保部并向社会公布。
第八条 考核采用现场核查和重点抽查相结合的方式进行，并依据核查和抽查情况实行综合考评打分。综合考评为不合格等级的。认定为未通过年度考核。
未通过年度考核的市人民政府应在30天内向省人民政府作出书面检查，提出限期整改措施，并抄送省环境保护厅、省发展改革委、省监察厅、省住房和城乡建设厅和省水利厅。
第九条 考核结果经省人民政府同意后，交由干部主管部门，依据有关规定，作为对各市人民政府领导班子成员和主要领导干部年度政绩考核的重要依据。
第十条 对综合考评为优良等级、区域流域水环境质量得到改善或好转的地区，有关部门优先加大对该地区污染治理和环保能力建设的支持力度；对未通过考核的地区，省环境保护厅暂停该地区新增水污染物排放建设项目环评文件及新增排污总量指标的审批。
