严格准入条件，凡新进入乡镇卫生院临床岗位的专业技术人员必须具备本科及以上学历，医技和公共卫生岗位的专业技术人员必须具备大专及以上学历，护理人员必须具备中专及以上学历，并严格实行公开招聘，统一考核。进一步压缩非卫生技术人员数量，禁止非卫生技术人员进入卫生技术岗位。
3、卫生院领导任用制度。实行乡镇卫生院院长聘任制，院长由县级卫生行政部门参照《
党政领导干部选拔任用工作条例》的要求提出人选，在征求当地乡镇党委、政府意见后聘任，并报县（市、区）主管医疗卫生系统干部工作的组织部或宣传部备案。
4、卫生院内部管理制度。卫生院实行院长负责制，发挥卫生院基层党组织的监督保障作用。卫生院应将预防保健组改建为公共卫生组（科），承担疾病控制、妇幼保健等任务，受委托做好公共卫生管理等工作；加强医疗服务质量管理，严格人员和医疗技术准入管理，规范医疗行为；加强财务监督管理。县级卫生行政部门建立会计核算中心，提高财务管理和会计核算水平；加强人事管理。规范科室和岗位设置，推行全员聘用制，建立职工绩效考核制度。
5、实行乡镇卫生院绩效评价制度。县级卫生行政部门每年对乡镇卫生院的业务工作量、服务质量、完成公共卫生任务情况、服务人群健康状况及服务的满意度进行综合考核，考核结果作为评价乡镇卫生院业绩和奖励的主要依据。
（二）健全完善卫生院经费保障机制。
乡镇卫生院经费由县级财政部门直接预算至县级卫生行政部门，由县级卫生行政部门统筹安排，及时拨付给卫生院。
1、保障人员经费。在核编定岗基础上，丙类卫生院和山区的乙类卫生院编制内人员工资按事业单位的标准由财政全额核拨。甲类和除山区外的乙类卫生院从事公共卫生服务的人员和院领导的工资由财政全额核拨，其余人员实行差额补助。
《福建省机关事业单位工作人员退休养老保险暂行规定》（闽政〔1994〕1号）下发后，各地开展机关事业养老保险之前，乡镇卫生院原全民和集体所有制离退休人员，其离退休费按国家有关规定和标准核定，由县级财政预算安排；各地开展机关事业养老保险后，已纳入当地机关事业单位养老保险的乡镇卫生院的离退休人员的离退休费，由当地机关事业单位养老保险经办机构支付，未纳入参保的继续由所在地县级财政安排；现有编制内工作人员养老保险形式由当地政府确定。进一步落实基本医疗保险和住房公积金政策，各县（市、区）要按规定的比例和标准为乡镇卫生院在编在岗工作人员配缴基本医疗保险费和住房公积金。
