十二、市监察局会同市太湖办等有关部门组织实施太湖治理和环境保护大督查工作机制。负责对各市（县）、区人民政府及市有关职能部门、行政人员履行太湖水污染防治职责的情况实施行政监察；参与重大太湖水污染事件的调查，对不依法履行职责而造成影响太湖水环境质量的重大水污染事件的有关部门和责任人员追究行政责任，并监督查处。
十三、市财政局负责落实、指导和监督太湖水污染治理资金筹措工作，把太湖水污染防治投入作为政府建设投资和财政支出的重点，支持太湖水环境治理重点工程建设，引导多元化社会资本加大对太湖水污染防治的投入。负责落实全市新增财力的10-20％专项用于太湖水污染治理资金的投入，对各市（县）、区新增财力的10-20％资金和相关配套资金落实情况进行监督检查。
十四、市国土资源局根据治污工作需要，积极做好国家、省和市太湖水环境治理方案确定的重点项目用地供给等工作。
十五、市建设局负责做好农村环境综合整治工作，推进规划保留村庄农村生活污水相对集中处理。负责做好向国家和省建设部门牵头安排的太湖水环境治理专项资金项目的争取和申报工作。
十六、市交通局负责通航建筑物工程建设、水上运输船舶污染防治工作。负责实施船舶垃圾、粪便、油废水的收集和处置工程。
十七、市水利局负责实施重点环境水利工程，落实调水引流和生态清淤各项工程措施。负责与水利部太湖局和省水利厅的联系沟通，及时向市有关部门通报“引江济太”信息。按照《太湖流域环境监控系统建设规划》，组织相关监测系统建设和监测工作。负责调水引流工程建设。负责出入湖河道、湖体清淤工程。负责“湖泛”预警和防控，强化“湖泛”应急管理措施。组织实施太湖蓝藻暴发期应急捞藻工作。负责做好国家和省水利部门牵头安排的太湖水环境治理专项资金项目的争取和申报工作。
十八、市农林局负责种植业、畜禽养殖业面源污染防治工作，指导合理使用化肥、农药，调整畜禽养殖业布局和规模。组织指导测土配方施肥、病虫害综合防治工程。组织实施农业固体有机废弃物和规模化养殖场粪便资源化利用工程。建立太湖地区面源氮磷流失生态拦截系统。推进乡村生活污水生态净化处理。控制性种养水生植物。做好水产养殖业污染防治工作，按照要求完成网围养殖面积压缩目标。负责生态防护林、生态湿地、生态隔离带建设。会同有关部门做好生物多样性保护等生态系统恢复、保护和建设工作，做好退耕、退渔、退养还林工作。负责做好国家、省农业和林业部门牵头安排的太湖水环境治理专项资金项目的争取和申报工作。
