健全工程资金管理制度。工程资金实行分账核算，专款专用，不能顶替原有投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。严格杜绝挤占、挪用、克扣、截留、滞留、套取工程专款。
要保证按工程进度拨款，不得拖欠工程款。对应纳入政府采购围的货物、工程和服务，要实行政府采购。校舍安全工程建设执行《
国务院办公厅转发教育部等部门关于进一步做好农村寄宿制学校建设工程实施工作若干意见的通知》（国办发〔2005〕44号）中有关减免行政事业和经营性、服务性收费等优惠政策。具体免除包括大配套费、合同审查费、招标服务费等。
五、监督检查和责任追究
各区县人民政府全面负责本行政区域内中小学校舍安全工程的实施和管理，并对校舍安全负责。主要职责包括：
（一）严格按照《教育部等11部门关于印发〈全国中小学校舍安全工程实施细则〉等三个配套文件的通知》（教财〔2009〕14号）要求，组织对辖区内校舍进行逐一排查、鉴定，建立本地区中小学校校舍的安全档案和校舍基本信息库。
（二）制订本地区的工程总体规划、年度实施计划和项目改造方案。
（三）及时、足额落实本级政府应承担的工程资金，设立资金专户，按照工程进度及时拨付。
（四）保证工程建设用地。
（五）按国家有关规定减免工程建设收费。
（六）按基本建设程序组织项目前期论证、招投标、勘察、设计、施工、监理、竣工验收、办理基建财务决算等各个环节工作。
（七）建立健全监督检查制度，保证工程进度和质量，定期向上级报告工程进展情况。
市和区县两级人民政府要加强对工程建设的检查和监督，对工程实施情况组织督查与评估。校舍安全工程所有项目公开招投标，建设和验收的全过程接受新闻媒体和社会监督。要委托有资质的审计单位对中小学校舍安全工程进行全程跟踪审查，监察机关要加强对加固工程学校项目的监察，重点是检查地方政府及相关部门加强领导，落实责任，确保政令畅通。同时，要督促有关部门加强对校舍安全工程各个环节全过程的监管。
建立健全中小学校舍加固工程质量与资金管理责任追究制度。
对发生因学校危房倒塌和其他因防范不力造成安全事故导致师生伤亡的地区，要依法追究当地区县人民政府主要负责人的责任。
