考核采取以扣分形式的百分制记分。考核结果满分为100分，分3个档次。其中，得分高于80分（含）的为“优良”；得分在60～80分的为“合格”；得分低于60分的为“不合格”。当年辖区未完成COD减排任务的，或发生重大（含）以上级别环境污染事故或生态破坏事件的，不得评定为“优良”。
四、评分标准
（一）水环境质量（30分）
1．流域干、支流（20分）
对闽江、九龙江、敖江流域的设区市，主要考核交界（含入海河口）断面水质、干（支）流省控断面水质和支流断面水质；对其他流域的设区市，主要考核交界（含入海河口）断面水质和干（支）流省控断面水质；对各县（市、区），主要考核交界（含入海河口）断面水质。
（1）交界（入海河口）断面水质（设区市为10分，县、市、区为20分）：辖区内省控出境（沿海为入海河口）断面水质达到目标要求的，不扣分；出境断面水质达标率低于目标值5个百分点之内或因入境断面水质未达目标要求影响出境断面水质达标率低于目标值15个百分点之内的，按差额比例扣分；否则不得分。
（2）干（支）流省控断面水质（只考核设区市，闽江、九龙江、敖江流域为5分，其他流域为10分）：设区市辖区内省控断面水质达到目标要求的，不扣分；达标率低于目标值5个百分点之内的，按差额比例扣分；否则不得分。
（3）支流断面水质（5分，只考核闽江、九龙江、敖江流域设区市）：辖区内规定的支流断面水质达到目标要求的，不扣分；达标率低于目标值10个百分点之内的，按差额比例扣分；否则不得分。
2．饮用水源（10分）
（1）设区城市水源水质（只考核设区市，5分）：集中式水源水质达到目标要求的，不扣分；达标率低于目标值5个百分点之内的，按差额比例扣分；否则不得分。
（2）县级水源水质（设区市为5分，县、市、区为10分）：辖区内县（市、区）城集中式水源水质达到目标要求的，不扣分；达标率低于目标值5个百分点之内的，按差额比例扣分；否则不得分。
（二）水污染物总量控制（10分）
3．COD减排完成情况（九龙江流域7分，其他流域为10分）：按计划完成辖区年度COD减排指标的，不扣分；未完成年度COD减排指标的，不得分。
4．氨氮、总磷减排情况（九龙江流域3分）：按计划完成辖区年度减排指标的，不扣分；未完成年度减排指标的，按差额比例扣分。
