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根据上述职责，省审计厅设13个内设机构：
（一）办公室。
负责厅机关政务工作督办；负责文秘、文电、会务、办公自动化、政务信息、机要、保密、档案、信访、政务公开、保卫和接待等工作；负责厅机关财务报账和资产管理等行政事务工作；联系特约审计员；拟订全省审计工作中长期规划和年度审计项目计划；负责审计项目综合协调、程序控制；承担审计业务统计分析、审计成果的综合分析与利用；组织起草财政预算执行审计结果报告和综合、专题审计报告。
（二）法规处。
承担审计地方性法规、政府规章草案的起草工作；研究财政经济方面的法律法规、政策规定，承担立法协调有关具体工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。指导全省审计机关的法制工作。
（三）财政审计处。
组织审计省级预算执行和其他财政收支情况；审计设区市人民政府、杨凌示范区管委会及所属省管县政府财政预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关审计和专项审计调查。
（四）行政事业审计处。
组织审计省政府主管部门及设区市级人民政府管理的教科文卫专项资金；开展相关审计和专项审计调查。
（五）农业与资源环保审计处。
组织审计省政府主管部门和设区市人民政府、杨凌示范区管委会管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；开展相关审计和专项审计调查。
（六）固定资产投资审计处。
组织审计省政府投资和以省政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。
（七）金融审计处。
组织审计省属地方金融机构和国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债、损益；根据审计署授权，对中央驻陕企、事业单位进行审计；开展相关审计和专项审计调查。
（八）企业审计处。
组织审计省属国有企业和国有资本占控股地位或主导地位企业的资产、负债和损益；开展相关审计和专项审计调查。
（九）社会保障审计处。
组织审计省政府主管部门、设区市级人民政府管理和其他单位受省政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金；开展相关审计和专项审计调查。
（十）外资运用审计处。
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