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市爱卫办：负责宣传发动群众，开展爱国卫生运动，做好除“四害”和病媒的控制工作；实施环境卫生综合整治，提高环境卫生综合质量。
市交通局：负责做好交通工具、站场的清洁消毒，防止传染病通过交通工具传播；优先安排紧缺物资和人员的运输；协助公安部门做好突发事件发生地的交通运输管理；组织协调交通运输单位，按照卫生部门的工作指引，协助卫生等其他部门对乘坐交通工具的人员进行交通检疫、查验工作。
市食品药品监督管理局：负责药品、疫苗、诊断试剂、医疗器械等物资的质量监督；配合有关部门做好相关物资的储备和供应工作。
市财政局：负责制定经费保障方案及相关政策，做好突发公共卫生事件应急资金的保障工作，保证突发事件应急处理和日常运作所需经费，并做好经费和捐赠资金的监督管理工作。
市民政局：组织做好受灾群众的紧急转移、安置工作，负责对特困群众进行生活救助和医疗救助；组织、协调有关部门和社会团体开展社会捐助工作，接受、分配国内外企业、个人以及外国政府、境外组织捐助的资金和物资，做好款物管理和发放工作；组织和动员社区、村委会力量，参与群防群治；协调做好死亡人员的火化和其他善后工作。
市委宣传部：协助负责把握好突发事件应急处理工作的正确舆论导向和宣传报道，协调有关传媒开辟宣传专栏，加强公众的应急知识宣传教育和心理疏导。
市发展改革委、市经委、市物价局：根据“突发公共卫生事件应急物资储备目录”，负责组织应急疫苗、药品、医疗设备和器械、防护用品以及生活必需品的生产、储备和调度，保证供应，维护市场秩序，保持物价稳定。同时市经委负责本系统所有企业单位的预防消毒和卫生知识宣教工作。
市工商局：负责维护市场秩序，对流入市场的污染食品、染疫动物、有毒有害物品的追踪和处理。
市安全监管局：负责组织职业中毒突发事件的调查处理工作，并监督事故查处的落实情况；参与组织、指挥和协调职业中毒突发事件的应急救援工作；会同有关部门提出职业中毒突发事件的应急救援物资储备计划；参与组织应急队伍培训和演练。
市劳动保障局：组织制定并会同有关部门落实好参与突发公共卫生事件应急处理工作人员的工伤待遇政策。
市科技局：根据实际情况和需要，制订突发公共卫生事件应急防治技术研究方案，组织科研力量开展应急防治技术科研攻关，统一协调、解决检测技术、药物、疫苗研发和应用中的科技问题，保障科研安全，开展国内外的科研合作与交流。
市旅游局：组织旅游全行业认真做好突发公共卫生事件的预防和应急处理工作；在突发公共卫生事件发生期间，组织做好旅游团队及人员的宣传、登记、观察工作，防止突发公共卫生事件在海内外旅游团队中发生和跨地区传播扩散；通过驻外旅游办事处等渠道，及时收集世界旅游组织和主要客源国的反映，有针对性地做好有关工作。
市商务局：负责全市商场、大型超市等公共场所预防消毒及卫生知识宣教工作。
市市政管理执法局：负责做好城市饮用水供应的卫生安全管理和生活污水无害化处理，负责全市出租汽车的消毒及对系统内人员卫生知识宣教工作，负责全市公共汽车的预防消毒及司乘人员卫生知识宣教工作，配合卫生部门落实相关疾病预防控制措施。
市直机关事务管理局：负责市直机关统管办公区及家属区的预防消毒和卫生知识宣教工作。
市供电公司：负责全市医疗卫生机构电力供应及本系统预防消毒和卫生知识宣教工作。
市司法局：负责指导局属各监狱、劳教所内集体食物中毒等重大传染病的预防消毒和劳教人员卫生知识宣传培训工作。
河南省通信管理局：协助负责郑州市电信营业场所及公用电话设施的预防消毒和人员卫生知识宣教工作。
中国银行业监督管理委员会河南监管局：协助负责郑州市金融部门公共场所的预防消毒和金融从业人员卫生知识宣教工作。
郑州铁路局：协助负责做好对进出站和乘坐列车的人员进行检疫、查验工作，将发现的传染病病人和疑似病人移交指定的医疗机构处理，防止传染病通过列车传播；确保铁路安全畅通，确保突发公共卫生事件处置人员以及防治药品、器械等急用物资和有关标本的运送，做好疫区的铁路交通管理工作。
市红十字会：组织群众开展现场自救和互救，根据突发公共卫生事件的具体情况，向国内外发出呼吁，负责国外机构、国际国内红十字会和社会团体及个人捐赠救灾款物的接收和管理。
武警郑州市支队：负责组织指挥驻郑武警部队参与突发公共卫生事件的应急处理行动，配合公安部门做好事件现场的控制工作。
市建委、市人事局、市法制局、市外侨局、市台办、新郑国际机场、郑州警备区等其他有关部门根据突发公共卫生事件处理的需要按照市应急指挥部的统一部署，做好相关工作。
以上各有关部门根据各自的职责制定本部门的具体实施预案，建立责任制，制定工作规范，确保工作落实。
指挥部的职责：实行属地管理的原则，负责统一领导和指挥本市辖区特别重大、重大和较大（必要时）突发公共卫生事件应急处理工作，研究决定应急处理的重大决策和重要事项，调动社会资源力量参与处理，决定启动、变更或终止突发事件应急响应级别。
发生Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ（必要时）级突发公共卫生事件时，应急指挥部立即成立8个应急小组，各应急小组组长由市有关部门主要负责人担任，各应急小组各负其责，做好现场应急处置工作。
应急指挥部下设以下8个应急小组：
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