国土资源部门负责尾矿库临时用地的审批及其监督，并负责督促检查指导尾矿库临时用地的土地复垦工作；负责在矿业秩序整顿和尾矿库专项整治过程中，检查一矿多开、大矿小开和尾矿库建设用地审批情况；依法取缔、关闭无证开采的违法矿山和没有经过建设用地审批的尾矿库。
环境保护部门负责尾矿库环境综合治理的监管。负责对尾矿库建设项目环境影响评价审批、环保“三同时”进行审查验收，颁发尾矿库排污许可证；对通过环境影响评价批准的尾矿库建设项目，应及时通知国土资源和安全监管部门；组织开展尾矿库排污检查，督促检查指导有关地区及企业尾矿库超标排污治理工作；依法查处企业环境保护违法违规行为，对直接排放尾矿、废水或超标排污的选矿厂、尾矿库责令限期治理或建议当地人民政府依法实施关停。
工商行政管理部门依法负责尾矿库《营业执照》的管理，协同配合有关部门对无证照经营和证照过期的尾矿库及没有矿山的选矿厂进行依法查处，对有关部门移送的违法尾矿库依法处理。
各州、市、县（市、区）人民政府要高度重视尾矿库专项整治工作，切实加强对尾矿库专项整治工作的组织领导，支持、督促各有关部门认真履行工作职责，及时研究解决尾矿库专项整治工作中的突出矛盾和重大问题，依法关闭不符合安全、环保等条件的尾矿库，组织有关部门完成行政区域内尾矿库专项整治工作任务。
二、实行分片包干负责制
实行部门分片包干负责制，由省直有关部门负责对各地尾矿库专项整治工作的督促落实，具体分工如下：
省安全监管局负责红河州、文山州、普洱市、西双版纳州。责任人：省安全监管局副局长白光福；联系人：省安全监管局监督管理一处王旭斌、欧雄。
省发展改革委负责保山市、德宏州、怒江州。责任人：省发展改革委副主任王喜良；联系人：省安全监管局监督管理一处聂川贵、发展改革委1人。
省工业信息化委负责大理州、迪庆州、丽江市。责任人：省工业信息化委副主任王兴宁；联系人：省安全监管局监督管理一处李晓晨、工业信息化委1人。
国土资源厅负责昆明市、曲靖市、昭通市。责任人：国土资源厅副厅长李连举；联系人：省安全监管局监督管理一处王革新、国土资源厅1人。
环境保护厅负责玉溪市、楚雄州、临沧市。责任人：环境保护厅副厅长杨志强；联系人：省安全监管局监督管理一处赵永兴、环境保护厅1人。
