（九）湖泊保护与治理处
拟订滇池、洱海、抚仙湖、阳宗海、星云湖、杞麓湖、异龙湖、程海、泸沽湖九大高原湖泊水污染综合防治规划、政府目标责任书并监督实施；指导其他湖泊和大型（水库）的水污染防治规划编制和实施；组织指导以9大高原湖泊为重点的湖泊和大型（水库）水污染保护与治理的试点示范；承担云南省9大高原湖泊水污染综合防治领导小组办公室的具体工作。
（十）自然生态保护处
组织编制生态保护规划；开展生态环境质量状况评估；监督各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、石漠化防治工作；对生态环境有影响的自然资源开发利用活动进行监督；指导生态示范创建与生态农业建设；协调指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，组织协调生物多样性保护和生物物种资源保护工作；承担滇西北生物多样性保护联席会议环保办公室的具体工作。
（十一）核安全与辐射环境管理处
负责核安全、辐射环境安全、放射性废物的监督管理工作；监督管理放射源安全、放射性废物和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；负责辐射安全许可及放射性同位素转让审批；负责核与辐射项目、电磁辐射项目环评、环保“三同时”和竣工环保验收管理工作；负责核技术应用相关领域人员的业务培训工作；参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作。
（十二）对外交流合作处
负责环境保护国际合作项目的监督管理工作；组织协调环境保护国际条约在本省的履约工作；参与处理涉外环境保护事务；承担与外国政府相关机构和环境保护国际组织的联系事务；负责环境保护系统因公出国（境）人员的选派、管理及涉外教育工作。
（十三）人事处
承担机关和直属单位的机构编制、人事工作；指导环境保护管理机构的队伍建设；承担环境保护部门领导干部双重管理的有关工作；负责机关和直属单位的离退休人员工作。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
四、人员编制
云南省环境保护厅机关行政编制87名（含离退休工作人员编制2名）。其中，厅长1名、副厅长3名，正处级领导职数15名（含总工程师1名、机关党委专职副书记1名）、副处级领导职数14名。
