(一)办公室
负责机关日常文电、会务、机要、档案、文秘、信息、安全、保密、信访、督查、政务公开等工作。承担云南省七彩云南保护行动领导小组办公室的具体工作。
(二)规划财务处
组织编制、评估、考核环境保护规划和环境功能区划;审核环境保护专项规划和专项功能区划,组织财政专项资金的申报并提出安排意见;组织实施基本建设项目;承担机关财务、固定资产管理和机关、直属单位内部审计工作;承担各项资金使用、监督和绩效考核工作;组织实施政府采购管理工作。
(三)政策法规处(宣传教育处)
组织起草环境保护地方性法规、政府规章草案;审核规范性文件;组织开展环境战略问题和综合性环境保护政策调研;组织环境保护执法检查;承担环境保护行政处罚的事前审查、事后监督和行政复议、应诉工作;牵头调解重大环境污染纠纷;拟订并指导实施环境保护宣传、教育、培训的规划、计划;组织开展生态文明建设的宣传教育工作;承担新闻宣传审核和新闻发布工作;指导绿色创建工作;组织协调环境保护系统业务培训工作。
(四)科技与环保产业发展处
负责环境保护系统科技成果管理;组织拟订地方环境标准、技术规范并组织实施;承担重点企业强制性清洁生产审核工作;承担环境污染治理设施运营资质管理工作;参与指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展。
(五)污染物排放总量控制处(云南省节能减排工作领导小组减排工作办公室)
监督实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度;负责环境统计制度的落实;提出总量控制计划;负责主要污染物总量减排的督查、督办、核查及考核工作。承担云南省节能减排工作领导小组减排工作办公室的具体工作。
(六)环境影响评价处
组织协调有关政策、规划和建设项目的环境影响评价工作;负责审批省级权限范围内建设项目环境影响评价文件、建设项目竣工环境保护验收;负责监督管理环境影响评价工作机构。
(七)环境监测处
组织开展环境监测工作,负责环境质量状况的调查、评估、预测、预警工作;编制环境质量报告书,统一发布环境监测信息;负责管理环境监测网。
(八)污染防治处
监督管理大气、水体、土壤、光、恶臭、噪声、固体废物、危险废物、有毒化学品、持久性有机污染物以及机动车尾气等污染防治;拟订有关污染防治规划并组织实施,起草相关法律法规草案;监督管理饮用水水源地环境保护工作,组织指导城乡环境综合整治、污染源限期治理等工作。
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