（六）负责环境污染防治的监督管理。监督管理大气、水体、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、危险废物、有毒化学品、持久性有机污染物、机动车尾气等污染防治工作。组织开展环境保护执法检查，对污染治理设施的运营管理情况实施监督。会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作，组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。
（七）指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。提出国家级和省级自然保护区新建和调整的审批建议，指导、协调、监督各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作，协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、石漠化防治工作。协调指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，组织协调生物多样性保护和生物物种资源保护工作。
（八）负责核安全、辐射安全、放射性废物的监督管理。拟订有关政策、规划、地方标准并组织实施。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作。监督管理核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。对核材料的管制和民用核安全设备设施实施监督管理。
（九）负责环境统计、监测和信息发布。制定环境监测制度和规范并组织实施。组织建设和管理环境监测网和环境信息网。组织实施环境质量监测和污染源监督性监测，组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织编制环境质量报告书，统一发布环境综合报告和重大环境信息，定期发布重点城市和流域环境质量状况。
（十）组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术工程示范，推动环境技术管理体系建设。指导和推动循环经济和环境保护产业发展。
（十一）负责环境保护对外合作交流，组织开展环境保护对外合作与交流工作，组织协调环境保护国际条约的履约工作，参与处理涉外的环境保护事务。
（十二）负责指导和协调环境保护宣传教育工作。制定并组织实施环境保护宣传教育方案，开展生态文明建设的有关宣传教育工作，指导绿色创建工作，推动社会公众和非政府组织参与环境保护。
（十三）承办云南省人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，云南省环境保护厅机关设13个内设机构（正处级）和机关党委。
