此次专项治理工作从发文之日开始，2009年底结束，主要采取自查自纠和重点检查的方式进行。按照中央、省和市专项治理“小金库”工作部署，分以下四个阶段进行：
第一阶段（5月底前）：动员部署阶段。成立专项治理工作领导小组和办公室，拟定工作方案，召开专项治理工作会议。
第二阶段（6月底前）：自查自纠阶段。局机关和局属单位要按照要求认真开展自查自纠工作。自查自纠主要内容包括：
1.所有收入是否按规定全部缴存专户，是否有坐收坐支现象；
2.开支经费是否符合财务制度规定，是否及时报账和记账；
3.是否违规设置“帐外帐”，私设小金库；
4.工会账务是否健全，收入和支出是否符合相关规定。
发现问题及时整改，并对自查自纠情况进行归纳整理，写出自查自纠报告、填写相关表册，按要求时限上报市直教育系统治理“小金库”领导小组办公室（监察室）。
第三阶段（7月至10月）：重点检查阶段。局机关和局属单位要认真准备，积极配合各级治理“小金库”工作领导小组对专项治理工作的重点检查。
第四阶段（12月底前）：整改落实阶段。针对各级治理“小金库”工作领导小组重点核查发现的问题，制定整改措施，认真整改，抓好落实，并深入剖析产生问题的原因，完善制度，加强管理，强化源头治理，建立和完善防治“小金库”的长效机制。局机关和各直属学校都要形成专项治理“小金库”书面总结报告，按规定时限送市直教育系统治理“小金库”工作领导小组办公室汇总上报。
三、专项治理的政策规定
对于专项治理中发现的“小金库”，要严格按照“依法处理，宽严相济”的原则进行处理。
（一）“小金库”治理工作鼓励自查，对自查发现的问题从轻从宽处理。凡自查认真、纠正及时的，对责任单位可从轻、减轻或免于行政处罚，对有关责任人员可从轻、减轻或免于处分。对自查出的“小金库”要如数转入符合规定的单位账簿，依法进行财务、税务等相关处理。
（二）对被查发现的“小金库”，除依法进行财务、税务等相关处理外，还要对责任单位和责任人员依法予以行政处罚，并依纪依法追究责任。
对设立“小金库”负有领导责任和直接责任的人员，依照《设立“小金库”违纪行为适用〈中国共产党纪律处分条例〉若干问题的解释》、《设立“小金库”违法违纪行为政纪处分暂行规定》，严肃追究责任。
