（1）在单病种执行过程中，参合农民住院费超出最高限额的部分应由医疗机构承担，参合农民自付及报销标准不变。
（2）在单病种执行过程中，参合农民住院费小于单病种规定最高限额，而大于单病种规定参合农民自付费用时，参合农民自付费用标准不变，经办中心对定点医院补助标准不变。
2、尚未确定为单病种定额付费标准的病种，根据医疗机构的级别不同，设定起付线或起报点，按比例进行补偿。
（1）设定起付线。设定起付线的原则是定点乡镇卫生院和社区卫生服务中心最低，为50～70元；定点二级医院，为200～250元；定点三级医院，为400～500元；非定点医院最高，为600～700元。各县（市）区可根据辖区实际，进行适度调整。
（2）住院医药费补偿的报销比例
a、乡镇卫生院、社区卫生服务中心定点机构报销比例 起付线以上，报销70～75％。
b、二级定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销60～65％。
c、三级定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销30～35％。
d、非定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销10～20％。
各县（市）区可根据本地住院医药费补偿比例的测算结果，进行适度调整。
3、新生儿费用随参合母亲享受新农合各项补偿。2009年1月1日及以后出生的新生儿开始享受新农合各项补助，享受时间为半年。新生儿住院补偿包括住院、诊疗、检查、药品等基本医疗费用，不包括生活及与生活相关的其他费用。新生儿随参合母亲享受新农合住院补偿费用与参合母亲分别结算，新生儿出生时产生的住院费用不另设起付线，按比例报销。新生儿随母亲出院后截至当年12月31日再次住院产生的住院费用按一般参合人员进行报销。
4、在同一定点医院门诊诊断检查（住院前3天之内）并连续住院治疗的患者，属于非单病种的门诊检查费用纳入住院费用报销，按比例报销；属于单病种的门诊检查费用按35％的比例报销，（结算方式：单病种定额包干费用不变，农民只交单病种规定的自付部分减去门诊检查费用的35％，给医疗机构补偿的费用应扣除门诊检查费用的65％）。参合患者住院期间，医院不具备检查条件，因病情需要出外检查，由主治医生同意后与病情相关的大型检查费用可列入本院住院费用补偿范围。
5、设置年度补偿最高限额：每人每年新农合补助不超过15000元。对达到封顶线的参合者，新农合不再进行二次补偿，不再设定针对达到封顶线的特殊病例再进行补偿的规定。
七、参合农民医疗住院的管理
1、实行持证就医制度。各县（市）区统一印制发放《新型农村合作医疗证》，参合农民一户一证。参合农民必须持证到符合规定的新农合定点医疗机构就诊，方可享受医药费用补偿。
