十一、将原第九条作为第十条，并将原条文修改为二款。
一是将第一款修改为“在水利工程管理范围内从事工程建设活动，建设单位必须将工程建设方案报经有管辖权的水行政主管部门审查同意后，方可向有关部门申请办理其他审批手续，并由水行政主管部门对涉水工程的施工进行监督检查和竣工验收”；
二是将原条文中“在安全保护范围内不得兴建危害水利工程安全的建筑物及设施。”作为该条第二款。
十二、新增一条作为第十一条。
在水利工程管理范围内的建设项目在施工过程中可能损坏水利工程、设置或者留置阻水障碍物的，建设单位应当在开工前与水利工程管理单位签订相关的责任协议。
十三、原第十条作为第十二条，将“或”修改为“或者”，“应”修改为“应当”，“影响”修改为“危害”，“城镇”修改为“城乡”，“其他地段”修改为“在其他地段”。
十四、原第十一条作为第十三条，并做两处修改。
一是将第一款修改为“编制和审查沿河城乡建设发展规划应当事先征求河道主管机关的意见。河道岸线的利用，应当服从河道治理规划”；
二是新增一款作为第二款：“编制河道治理规划，应当充分考虑洪涝规律和上下游、左右岸的关系以及国民经济对防洪的要求，并与国土规划、城乡建设规划和土地利用总体规划相协调”。
十五、原第十二条作为第十四条，并修改为“未经水行政主管部门批准，任何单位和个人不得改变河流走势，不得填堵、围垦和占用河流故道、旧堤、原有工程设施等，不得在水利工程管理范围内新建、改建或者扩大排污口”。
十六、原第十三条作为第十五条，并分设两款。
一是将第一款修改为“占用农业灌溉水源、灌排工程设施，或者人为造成农业灌溉水量减少和灌排工程报废或者失去部分功能的，应当予以补偿或者兴建等效替代工程”；
二是将“开采矿藏或者兴建地下工程，对水利工程造成损失的，采矿单位或者建设单位应当采取补救措施，赔偿损失”作为第二款。
