各县（市、区）环境保护部门要会同财政部门积极与项目所在地乡（镇）政府密切配合，抓好农村环境保护项目组织实施，并结合本地区经济发展水平、地理环境现状、环境综合治理实际需要和投资可能，采取科学合理的实用技术，因地制宜地制定综合整治方案。要鼓励农民投工投劳，充分调动农民的积极性，切实为农民解决实际问题。
（二）县级财政部门负责农村环境综合治理专项资金使用和管理
专项资金实行县级财政报账制度。县级财政部门负责资金审核管理和拨付，严格按工程进度及时拨付资金，确保专款专用，不得截留、挤占、挪用；同时，对所有项目资金使用情况统一建立档案备查。
（三）市级环保部门和财政部门要协调组织好本地区农村环保项目实施，审核、实地核查及上报实施方案，跟踪检查项目进度，监督专项资金使用。
三、修改完善项目实施方案内容的几项具体工作和要求
（一）实施方案修改完善原则
此次中央和省本级补助资金项目都是带项下达，项目名称和项目地点都不能调整，只能结合原项目申报方案和中央及省本级补助资金预算指标调整项目建设内容。
（二）项目实施的重点
1．中央农村环保专项资金项目实施的重点：
在做好村庄建设总体规划的基础上，“村庄环境综合整治”项目重点围绕以下几个方面实施：
（1）农村饮用水源地保护；
（2）畜禽养殖污染治理；
（3）生活污水和垃圾治理；
（4）历史遗留或关停的乡镇工矿污染治理。
“生态示范创建”资金应用于生态示范创建、巩固和提高。
2. 省级农村环境保护专项资金示范项目实施的重点：
在做好村庄建设总体规划的基础上，农村环境综合治理示范工程建设重点围绕以下几个方面实施：
（1）村庄内街路平整硬化工程；
（2）对村庄生活垃圾实行定点存放、集中处置治理；
（3）对村庄生活污水集中收集，采取生物或土（湿）地系统等方式有效处理；
（4）通过改厕、改圈，推进人畜粪便无害化处理；
（5）秸秆气化、沼气应用，提高农村生活新能源利用水平；
（6）畜禽标准化养殖小区建设，鼓励农村畜禽粪便、农作物秸秆等废物的综合利用。
（三）实施方案需重点说明的内容和相关证明
1.村庄基本情况，存在的主要环境问题；
2.村庄环境综合治理已开展的工作；
