第二阶段：广泛征求意见，组织编制方案。各有关县（市、区）人民政府要在调查研究的基础上，按照自治区煤炭产业优化升级的指导思想、总体目标、主要原则和途径、模式及方案编制提纲的要求，组织编制县（市、区）煤炭产业结构优化升级实施方案，明确本辖区内煤炭产业结构优化升级工作目标、范围和重点、实施进度安排和保障措施等。由属地人民政府牵头，对各类煤矿企业的资产、规模、技术力量、开采工艺和安全管理水平等进行综合比选，广泛征求意见，结合资源重组和改造企业的意愿，合理确定煤矿资源重组方式、矿井联合改造的方案及实施主体、实施期限。研究编制企业集团组建方案，进行淘汰矿井的规划安排。各有关地（州、市）煤炭产业结构优化升级工作领导小组在2009年底前完成对各县（市、区）煤炭产业结构优化升级实施方案审核和汇总，编制本地（州、市）煤矿产业结构优化升级方案，并上报自治区煤炭产业结构优化升级工作领导小组办公室。新疆生产建设兵团、自治区监狱管理局、自治区直接管理的煤炭企业集团也要按上述要求完成所属煤矿产业结构优化升级方案，并上报自治区煤炭产业结构优化升级工作领导小组办公室。
第三阶段：加快方案审批，周密组织实施。自治区煤炭产业结构优化升级工作领导小组办公室要加大指导、协调和督促力度，按照“成熟一个、审批一个、实施一个”的要求，及时组织有关部门和专家对各地（州、市）、新疆生产建设兵团、自治区监狱管理局和自治区直接管理的煤炭企业集团上报的方案进行审批，并督促各地（州、市）、部门和企业按照批准的方案组织实施。自治区煤炭产业结构优化升级工作领导小组及时进行检查、指导，方案实施完成后，组织验收。
六、保障措施
（一）截止目前仍不能建成进入试生产的煤炭工业“十五”结构调整规划新建、改扩建煤矿，应停止建设，纳入所在基地和矿区煤炭产业结构优化升级范围。其优化升级的途径和方式在各地（州、市）优化升级方案中要认真进行研究和落实。
（二）对实施资源重组和联合改造的煤矿建设项目，在编制、审批和组织实施自治区煤炭工业发展规划、区域发展规划、矿区总体规划等相关规划和矿业权设置方案时，予以重点支持和优先安排。
（三）对实施资源重组和联合改造的煤矿，自治区在资源配置、矿业权审批、调整和转让等方面采取扶持政策和办法予以支持。建立自治区各有关部门联动机制，简化资源重组和联合改造煤矿建设项目的批准、验收和发证等相关程序，具体办法由领导小组办公室另行制定发布。
（四）对实施企业兼并重组和煤矿联合改造的矿区水、电、路、通讯等基础设施建设，优先列入相关行业发展规划和有关部门年度投资计划予以支持。
