按病种付费结算：应偿付费用＝∑病种×病种标准费用，对超支部分按一定比例双方负担，结余部分按一定比例奖励。医院定期结算时实际支付费用＝应支付费用×95%。
人次定额结算：社会保险经办机构与定点医疗机构的住院费用按人次定额结算。人次定额实行动态管理，当年人次定额标准应以上年度人次定额标准为基数，综合考虑医疗收费标准和医药物价等因素，于每年初核定执行。社会保险经办机构支付参保人员住院医疗费用分两步结算；第一步为人次定额减去定额内的个人自付部分费用，即统筹基金支付部分等于人次定额减去个人自付部分；第二步为超过人次定额至封顶线45000元的费用，即扣除参保人员自付部分后，定点医疗机构和社会保险经办机构各自承担50%。参保人员住院医疗费未超过人次定额标准的其结余数，定点医疗机构提取70%作为奖励。
第三十一条 社会保险经办机构与定点医疗机构的医疗费用每月结算一次，于次月十五日前结算上月费用总额的95%，其余5%留作保证金，根据考核情况按协议附件执行。
第三十二条 规定病种的审定程序
（一）新患有规定病种的参保人员，经地区人民医院和三级以上医院确诊，填写《铜仁地区地级医疗保险规定病种门诊治疗申请表》，经医院职能部门签字盖章，附门诊或住院病历、疾病证明书、指定项目检查、化验报告单、所在单位证明、《医疗保险证》，向社保经办机构申报，社保经办机构在30个工作日内给予答复。审核中不合格者不予认定，对符合规定者在《医疗保险证》中有关栏目予以记录登记存档。
（二）提供的相关证明和资料中，社保经办机构认为有疑问时，可要求参保人员到指定医院复诊，并根据复诊结果确定是否纳入规定病种范围。
（三）异地安置的参保人员患规定病种疾病时，经当地定点医疗机构检查，凭近期相关病历及检查资料，报社保经办机构审定。
持记录有规定病种《医疗保险证》的参保病人在门诊治疗其它疾病或其它药品的费用统筹基金不予支付。
纳入规定病种的门诊医疗费，从社会保险经办机构记录登记之月起可享受待遇。参保人员就医时必须持《医疗保险证》、IC卡，治疗医师均须提供疾病诊断、检查、治疗、用药等资料。参保人员出具《医疗保险证》、处方、检查治疗明细单和有效票据等凭证，向社保经办机构申报，经审核后拨付。
每年的1月份，社保经办机构对纳入规定病种的参保人员进行复核审定。规定病种经认定一年内有效。
