此次专项治理工作从本方案下发之日起至2009年6月底基本结束，主要采取自查自纠和抽查相结合的方式进行，具体实施步骤分为两个阶段。
（一）动员部署（2009年6月10日前）
各事业单位和部门要落实领导责任，建立健全工作机制，形成一把手负总责，层层抓落实的工作格局。深入做好思想动员、政策宣传、计划制定和组织部署工作。
（二）自查自纠（2009年6月底前）
凡列入此次专项治理范围的事业单位和各处室，抓紧制定具体工作方案，落实工作措施，认真组织自查，做到不走过场、全面覆盖。对自查中发现的各种违法违规问题，必须自觉纠正。自查自纠工作结束后，各单位按规定上报自查自纠总结报告，并填报《单位“小金库”自查自纠情况报告表》（见附件）。各单位主要负责人对自查自纠情况负完全责任。自查面必须达到100%。
为保证自查效果，各事业单位、各部门要组织力量，有重点地进行督促指导，及时做好政策解释和咨询工作，尽量把问题解决在自查阶段。治理日常工作机构于2009年6月25日前将自查自纠总结报告和统计表报送局治理“小金库”领导小组办公室。
三、对于自查中发现问题的处理
“小金库”治理工作鼓励自查，对自查发现的问题从轻从宽处理。凡自查认真、纠正及时的，对责任单位可从轻、减轻或免予行政处罚，对有关责任人员可从轻、减轻或免予处分。对自查出的“小金库”，要如数转入符合规定的单位账簿，依法进行财务、税务等相关处理。
四、专项治理的组织领导
此次专项治理工作在局党委的领导下，实行分级负责、分口把关。成立局治理“小金库”工作领导小组，主要负责指导和协调全局范围“小金库”专项治理工作，研究制定有关政策规定和治理措施，协调解决有关重要问题；领导小组办公室设在局财务处，具体负责“小金库”治理的日常组织协调工作。
各单位要成立由分管领导牵头、相关部门负责人参加的专项治理领导机构，并设立日常工作机构。各单位“小金库”治理领导机构及日常工作机构的设立情况请于2009年6月12日前报局治理“小金库”工作领导小组办公室。
五、做好协调配合
各单位“小金库”治理领导机构及日常工作机构要充分发挥牵头、协调和指导作用，主动加强联系和沟通，及时传达有关政策规定和工作要求，加强对方案制定、自查自纠、重点检查、案件移送、宣传报道等工作的监督和协调力度，建立科学有效、目标明确的专项治理工作协调机制。
