根据上述职责，自治区科学技术厅设9个内设机构：
（一）办公室。
负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、机要、档案、保密、信访、电子政务、信息、宣传、财务、国有资产管理、政务公开等工作。
（二）人事与老干部处。
负责机关及所属单位的人事工作和机构编制工作；负责离退休人员的管理和服务工作。
（三）政策法规处（行政审批办公室）。
拟订科技政策并监督实施；指导全区科技体制改革工作；负责制定科学普及、科技人才培养的政策、规划，制定并实施软科学研究计划；拟订科研机构、科技型企业及社团组织的准入条件并监督实施；负责行政审批的相关工作和行政复议等法律事务。
（四）发展计划处。
拟订科技发展的中长期规划和年度计划，提出科技计划综合平衡的建议并组织实施；拟订并组织实施科技平台建设计划；承担自然科学基金计划管理工作；承担科技成果评价管理、成果转化计划和科技奖励工作；承担科技保密和科技统计工作；承担国家科技支撑、863、973等计划项目的管理工作。
（五）科研条件建设与财务处。
拟订本部门管理的科技经费预算、决算方案并对经费使用进行监督管理；开展科技项目绩效评价工作；指导、监督大型科学仪器设备、实验动物的共用工作；承担内部审计工作。
（六）工业科技处。
组织实施工业科技攻关、科技型中小企业创新资金等计划和技术创新引导工程；协调、指导企业科技特派员服务行动；承担国家火炬计划、企业创新基金等科技计划项目的管理；指导高新技术产业开发区的建设发展；承担工业领域科技服务体系建设的相关工作。
（七）农村科技处。
组织实施农业科技攻关、科技兴农等计划和农业科技产业化的相关工作；承担农业科技产业化示范园区和基地建设工作；承担国家农业科技成果转化、科技富民强县等科技计划项目的管理工作，协调、指导全区农业科技特派员创业行动。
（八）社会发展科技处。
组织实施社会发展科技规划和计划；承担涉及人口资源、生态环境、医药卫生、科技扶贫等社会发展领域科技项目的相关工作；指导可持续发展实验区规划与发展的有关工作。
（九）对外科技合作处。
组织实施国际科技合作计划；承担国内外科技合作与援助工作；承担国家国际科技合作项目的相关工作。
机关党委。负责机关党的建设工作，指导所属单位的党群工作。
四、人员编制和领导职数
