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（1）州（市）财政部门的职责
按有关政策和要求，筹措落实本州（市）应承担的农村义务教育经费保障机制的各项经费，确保本级财政安排的农村义务教育经费依法增长，严禁“挤出效应”；及时下达农村义务教育经费保障机制的各项经费；负责本地教育经费的监管；定期向上级财政部门汇报农村义务教育经费保障机制实施情况。
（2）州（市）教育部门的职责
州（市）教育部门商财政部门统筹制定本地农村义务教育经费保障机制改革的各项具体政策措施；负责本地各县基础数据核实工作以及农村中小学预算编制的审核、汇总；负责本地教育经费的使用和管理；定期向上级教育部门汇报农村义务教育经费保障机制实施情况。
3.县级财政、教育部门以及学校的职责
（1）县级财政部门的主要职责
按有关政策和要求，筹措本级应承担的农村义务教育经费保障机制的各项经费，确保本级财政安排的农村义务教育经费依法增长，严禁“挤出效应”；按规定程序和时间下达预算控制数和批复教育经费预算；按批准的年度预算和用款计划，及时拨付资金；按照国库直接支付和授权支付的办法，保证农村义务教育专项资金及时到位，按时足额安排配套资金；对中小学预算执行情况及教育经费管理使用情况进行监督检查；定期向县级人民政府报告中小学预算执行情况，向上级财政部门报告农村义务教育经费保障机制实施情况。
（2）县级教育行政部门的主要职责
负责本地区农村义务教育经费安全运行和按规定合理使用；负责全县教育经费的管理；负责农村义务教育经费日常运行的监督检查和绩效分析，商财政部门提出结合本地实际的加强和改进资金管理的措施和意见；对学校会计基础工作进行业务指导；对学校资金管理使用进行再审核、再监督；组织编制年度教育部门预算，审核汇总报送同级财政部门；根据县级财政部门下达的预算控制数和预算批复，向学校下达预算控制数和年度预算，审核汇总各学校用款计划；认真做好基础数据核实上报工作；加强教育经费的管理和监督，对学校经费执行情况进行检查和内部审计。
（3）学校的主要职责
认真落实农村义务教育经费保障机制改革的各项政策，以学校为基本预算单位。中小学校财务管理实行校长负责制。校长负责组织学校按规定编制完整的年度部门预算，按国家和省的政策规定，将学校的收入统一纳入部门预算；学校的预算外资金一律纳入县级财政专户，实行收支两条线管理；根据学校实际情况，按批准的年度预算向县级教育行政部门申报用款计划；加强财务管理，建立健全学校内部财务管理制度，定期公示学校财务收支状况，确保资金使用安全和效益。
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