自查工作分为三个阶段：
第一阶段，准备阶段（2009年5月底前）
市局制定自查工作方案，按照《
国家税务总局关于进一步开展土地增值税清算工作的通知》（国税函〔2008〕318号）的有关要求，做好自查工作所需基础数据的各项准备和部分操作培训工作。
区县（分）局根据市局文件制定本辖区的自查工作方案（包括工作进度安排），于5月底前报市局备案。
第二阶段，实施阶段（2009年6月底前）
区县（分）局按照自查内容和方式的要求，本着“全面比对，全面自查”的工作原则，对辖区内的土地增值税管理情况进行自查。各局在自查中也可以要求纳税人对土地增值税的预缴申报、清算、存量房交易情况进行自查。对发现问题可以解决的，应及时解决。
第三阶段，总结阶段（2009年6月底前）
区县（分）局应于2009年6月底前将工作总结上报市局。工作总结内容应包括以下方面：一是自查工作的组织落实情况，包括全面比对情况、重点自查情况、发生问题比率、问题归类总结；二是自查工作成效概况，主要包括问题纠正率、未纠正的原因、自查工作对土地增值税征收管理的影响分析、长效机制的建立等内容；三是自查工作中的问题及工作建议，包括政策问题、征管问题等。
区县（分）局应于2009年6月底前根据自查情况填写《土地增值税自查情况统计表》上报市局。
第四阶段，抽查检查阶段（2009年9月底前）
市局将在本阶段对区县局的工作采用抽查或区县互查的方式，以2009年5月31日的时点数对各单位的自查工作完成情况和工作质量进行检查。
六、自查工作要求
（一）加强领导
各单位要充分领会此次土地增值税自查工作的意义，要借此次自查工作，查找、弥补我市土地增值税税收征管漏洞，进一步提高税收征管水平。
（二）积极主动
各单位要充分理解此次自查工作的意义和重要性，积极主动地开展自查工作，因地制宜地确定本地区的重点自查对象，尤其是达到清算条件的重点开发项目，合理有效地布置自查工作。
（三）后续管理
此次自查工作结束后，各单位应继续贯彻自查工作精神，进一步做实土地增值税项目登记等基础性工作，并在此基础上充分利用地方税税源监控平台深入研究数据分析、比对等数据利用工作，及时发现征管环节中的漏洞，有针对性的提出改进措施，建立税源管理的长效机制。
