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（一）职责不清、配合协调不到位。部分县市相关职能部门间协调配合工作还需要进一步加强，部分职能部门、乡镇、街道办、村、居委会履行教育职责不够；部分县市、乡镇领导联系学校制度和对口帮扶学校制度没有得到完全落实。
（二）普查数据的核对与排查不彻底。大部分县市“去向不明”人员数目较大，排查、取证工作不扎实。
（三）县市、乡镇、学校均存在“两基”工作档案不健全、不完善的问题，部分证明材料不规范，缺乏可信度。
（四）县市办学条件达不到国家的验收标准。由于国家和自治区办学条件的提高，目前，各县市办学条件不达标的问题又显现。除已争取国家、自治区项目资金15457万元，尚需建设资金11902万元。
（五）安全隐患仍然存在。各县市普遍存在户外体育设施安装不牢固、学生宿舍明火取暖等安全隐患；呼图壁县、吉木萨尔县和昌吉市部分学生食堂、宿舍的卫生、用水、用电管理措施落实不到位；呼图壁县部分学校安全通道不畅；玛纳斯县三中校园上空横架着高压电线；阜康市三中、奇台县三校、四校的校园内仍然有私人住房；木垒县部分学校消防设施不能正常使用，西吉尔镇学校接送孩子上下学车辆管理制度不完善。
（六）部分县市未能完全做到教育经费“三个增长”，城市教育费附加没有做到足额征收。
1．近三年县市财政预算内教育拨款共欠拨5669万元，其中阜康市欠拨281万元，玛纳斯县欠拨760万元，奇台县欠拨1231万元，吉木萨尔县欠拨1882万元，木垒县欠拨1516万元。
2．近三年欠征欠拨城市教育费附加共计1015.1万元，其中：玛纳斯县欠征欠拨381.81万元，呼图壁县377.55万元，吉木萨尔县4.94万元，奇台县4.94万元，木垒县10.86万元，昌吉市235万元。
3．部分县市对农牧民文化技术培训投入不足，办学条件较差。部分农牧民文化技术学校实验场地没有办理土地使用证。
4．教育保障机制还没有完全建立。呼图壁县、木垒县、阜康市至今没有按“校财局管校用”管理体制，建立教育核算站。
（七）教育教学管理水平还需进一步加强。各县市不同程度的存在课程开设不齐、以考试成绩排名次、中学生课业负担过重、体罚辱骂学生等现象。阳光体育活动不能正常开展。
（八）幼儿教育发展不均衡。幼儿园建设公民办、城乡、民汉间布局不够合理，不能满足幼儿入园的需要。
（九）职业教育发展有待于深化。各县市对职业教育发展认识不够，对农牧区初、高中毕业生如何强化职业教育没有相应政策。职业学校师资队伍、专业设置不能满足教学需求，硬软件设施、教学用地短缺，没有稳定的实验、实训基地。
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